2025年1月，凌恩生物助力客户发表文章93篇，累计影响因子553.2分，其中包括Advanced Functional Materials、Journal of Hazardous Materials、Journal of Infection、Water Research、Environmental Science & Technology、Science Advances、Environmental Science & Technology等期刊文章。此次收录的文章涵盖多个研究方向，其中多组学研究18篇，微生物方向32篇，基因组方向26篇，转录组方向17篇，代谢组方向8篇，宏基因组方向11篇，eDNA方向1篇，云平台方向1篇。
接下来小编挑选了一些高分文章，让我们一起回顾一下吧~
第1篇
通过成分调制介导的能带工程实现的类型转化生物酶用于糖尿病感染性伤口愈合
英文题目：Type-Transformational BioHJzyme Enabled by Composition Modulation-Mediated Energy Band Engineering for Diabetic Infectious Wound Healing
发表期刊：Advanced Functional Materials
影响因子：18.5
作者单位：四川大学
涉及的凌恩生物服务产品：真核有参转录组测序及分析
主要研究内容：
文章研究了一种新型的生物异质结酶（BioHJzyme），用于糖尿病感染性伤口的愈合。研究设计了一种由葡萄糖氧化酶修饰的FeSe2/Cu2O异质结（命名为FCG）。这种材料在糖尿病感染微环境中，能够从I型异质结转变为双Z型异质结，从而结合了I型异质结的催化性能和双Z型异质结的近红外激活能力，实现细菌的高效清除。实验结果表明，FCG在体外和体内均展现出优异的抗菌性能和组织修复能力，能够显著促进细胞增殖和血管生成，加速糖尿病感染性伤口的愈合。此外，转录组测序分析揭示了FCG通过下调FoxO信号通路来促进组织再生的机制。这项研究为糖尿病感染性伤口的治疗提供了一种新的策略。
第2篇
中国南方出现一个与人类感染相关的新B群链球菌CC61分支
英文题目：Emergence of a novel group B streptococcus CC61 clade associated with human infections in southern China
发表期刊：Journal of Infection
影响因子：14.3
作者单位：华中农业大学
涉及的凌恩生物服务产品：细菌基因组扫描图+细菌基因组完成图+比较基因组
主要研究内容：
本研究对693株临床分离株进行全基因组测序分析，发现21株新型CC61型（B群链球菌克隆复合体61）菌株，这些菌株形成了一个与传统牛源CC61分离株不同的新分支（CC61H），具有独特的种群结构。比较基因组分析表明，CC61H的成功流行与抗生素抗性基因和毒力基因簇的水平转移有关，其中PI-1基因簇的插入可能促进了ST929相对于ST931的更高流行率。此外，CC61H中还发现了主要菌毛亚单位BP-1和BP-2b以及细菌粘附素bibA的新变体，其中bibA获得了与新生儿高毒力谱系CC17同源基因的致病片段。研究结果表明，鉴于CC61H菌株多药的耐药性，高毒力和基因组表征，应更优先考虑CC61H菌株的监视。
第3篇
无载体蛋白纳米疫苗联合癌症免疫疗法克服吉西他滨耐药性
英文题目：A carrier-free nanovaccine combined with cancer immunotherapy overcomes gemcitabine resistance
发表期刊：Biomaterials
影响因子：12.8
作者单位：中国科学技术大学
涉及的凌恩生物服务产品：真核有参转录组测序及分析
主要研究内容：
本研究开发了一种无载体的纳米疫苗（CIRTAs@R848），用于治疗对吉西他滨（GEM）耐药的肿瘤。该纳米疫苗由化疗诱导的耐药肿瘤抗原和免疫佐剂Toll样受体7/8激动剂R848组成，无需额外载体，制备过程简单。研究发现，CIRTAs@R848能高效地将抗原和免疫刺激物同时递送到树突状细胞，促进其成熟。在与免疫检查点阻断（ICB）抗PD-1（αPD-1）联合使用时，CIRTAs@R848显著抑制肿瘤生长，增加肿瘤中T细胞的浸润，减少调节性T细胞（Tregs）的比例，并调节肿瘤微环境，产生长期免疫记忆。该研究为治疗化疗耐药肿瘤提供了新的免疫治疗策略，具有个性化免疫治疗和精准医疗的潜力。
第4篇
3,5-二氯苯胺降解机理的研究：活性污泥驯化、菌株分离及基因克隆
英文题目：Unveiling the degradation mechanism of 3,5-dichloroaniline: Activated sludge acclimation, strain isolation and gene cloning
发表期刊：Journal of Hazardous Materials
影响因子：12.2
作者单位：南京农业大学
涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子+细菌基因组完成图+原核转录组+靶向代谢组+qPCR
主要研究内容：
本研究通过微生物群落分析，发现Dehalobacter sp. DH-1和Pseudomonas sp. DCA-1是关键降解菌。Dehalobacter sp. DH-1能在厌氧条件下将3,5-DCA转化为3-氯苯胺，而Pseudomonas sp. DCA-1能在有氧条件下进一步降解3,5-DCA及其代谢产物。研究还通过转录组分析和异源表达，鉴定了两个负责3,5-DCA降解的基因簇ddoA1A2A3A4和ddoBCDE。此外，研究构建了一种工程菌IHC-DCA-1，能够完全降解农药异丙菌胺及其代谢产物3,5-DCA，为环境污染的生物修复提供了潜在的解决方案。
第5篇
表面活性剂和抗生素共存在污泥发酵过程中重塑微生物群落和驱动代谢特性中的作用
英文题目：Overlooked roles of improved substrates functions in remodeling microbial community and driving metabolic traits during sludge fermentation triggered by surfactants and antibiotics co-existence
发表期刊：Journal of Hazardous Materials
影响因子：12.2
作者单位：河海大学
涉及的凌恩生物服务产品：靶向代谢组+宏基因组
主要研究内容：
本文研究了磺胺甲恶唑（SDZ）和线性烷基苯磺酸盐（LAS）在污泥厌氧发酵中对挥发性脂肪酸（VFAs）生物合成的协同影响。结合宏基因组测序分析微生物群落和代谢功能。结果显示，LAS和SDZ共存使VFAs产量增至1189 mg COD/L，是单独处理的1.3-3.2倍。这种协同作用通过破坏污泥的胞外聚合物（EPS）来提供更多的发酵底物，并改变微生物群落结构，增强了微生物网络的互联性。同时，LAS和SDZ的存在可能促进了微生物之间的电子传递，提高了VFAs生物合成相关的代谢功能。此外，研究还揭示了功能厌氧菌通过激活群体感应和双组分系统来应对LAS/SDZ的不利影响，并维持高代谢活性。这些发现为理解混合污染物对污泥发酵系统的影响提供了新的视角，并为污泥处理提供了有价值的指导。
第6篇
使用长链烷烃降解细菌铜绿假单胞菌对含烷烃的盐碱土壤进行生物修复
英文题目：Bioremediation of alkane–containing saline soils using the long–chain alkane– degrading bacterium Pseudomonas aeruginosa DL: Effects, communities, and networks
发表期刊：Journal of Hazardous Materials
影响因子：12.2
作者单位：大连理工大学
涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子+非靶向代谢组+细菌基因组完成图
主要研究内容：
本研究采用多组学分析，发现铜绿假单胞菌DL的细菌菌株表现出高降解长链烷烃的能力，并表现出对盐碱条件的适应性。降解产物的基因注释和分析表明，菌株 DL采用逐步断链机制来降解长链烷烃。在使用菌株DL对受污染的土壤进行160天的生物增强修复后，该菌株使初始浓度为30,000 mg/kg的长链烷烃降解率达到81.36%，显著提高了土壤酶活性，并成功定殖于污染土壤中，相对丰度达到69%。此外，该菌株还与本土细菌形成了合作关系，增强了微生物群落的协同网络，推动群落向更好的烷烃降解能力演化。研究结果为盐碱地石油污染土壤的生物修复提供了重要的菌株资源和数据支持。
第7篇
藻类有机物对细菌群落组装的影响
英文题目：Algal organic matter triggers re-assembly of bacterial community in plumbing system
发表期刊：Journal of Hazardous Materials
影响因子：12.2
作者单位：西安建筑科技大学
涉及的凌恩生物服务产品：三代16S扩增子
主要研究内容：
本文研究藻类有机物（AOM）对室内管道饮用水水质和细菌群落的影响。采用细菌全长扩增子技术，结果发现，AOM 将氮和磷污染引入饮用水中，并在停滞过程中促进细菌的大量再生，同时增加细菌代谢活性。与对照组相比，在 AOM 的影响下，醇、酸、酯和氨基酸的利用能力增加。此外，AOM的存在降低了细菌群落多样性，使群落更饱和，物种间关系更复杂。研究还发现，具有反硝化能力的细菌（如Pseudomonas putida等）在AOM影响下成为优势菌群。在 AOM 影响下，显著改变了细菌群落的生态位分布和功能，增加了系统复杂性。研究结果有助于阐明微生物群落对室内饮用水管道中AOM污染的响应机制，为饮用水安全风险管理提供科学依据。
第8篇
氟磺胺在水-沉积物微观世界中的综合研究：对映选择性命运、降解途径和毒性评估
英文题目：Comprehensive study of flusulfinam in paddy water–sediment microcosms: Enantioselective fate, degradation pathways, and toxicity assessment
发表期刊：Journal of Hazardous Materials
影响因子：12.2
作者单位：广西大学
涉及的凌恩生物服务产品：二代16S扩增子+靶向代谢组+非靶向代谢组
主要研究内容：
本研究通过构建稻田水-沉积物微生物模型，全面研究了新型手性除草剂flusulfinam（氟磺胺）的对映体选择性行为、降解路径和毒性评估。研究发现，发现S-氟磺胺优先在沉积物中积累，而R-氟磺胺在水和整个系统中表现出优先降解。通过代谢组学鉴定出flusulfinam的八个代谢产物，并提出了其降解路径。毒性评估显示，主要代谢产物M299和M100对斑马鱼和绿藻的毒性低于flusulfinam。16S扩增子结果表明，flusulfinam降解显著影响了沉积物中的微生物群落结构。这些发现为评估flusulfinam在稻田生态系统中的环境和生态风险提供了重要依据。
第9篇
质粒在耐药肺炎克雷伯菌传播中的关键作用
英文题目：The pivotal role of IncFIB(Mar) plasmid in the emergence and spread of hypervirulent carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae
发表期刊：Science Advances
影响因子：11.7
作者单位：复旦大学
涉及的凌恩生物服务产品：细菌基因组完成图
主要研究内容：
本研究聚焦于高致病性耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（hv-CRKP）的进化和传播机制。通过对全国范围内310株hv-CRKP分离株的基因组进行分析，研究人员鉴定出四种主要的毒力质粒类型，其中pIUC1-IncFIB(K)37和pIUC1-IncFIB(Mar)质粒最为常见。偶联测定表明，辅助性 IncFIB（Mar） 质粒可以有效地转移到高毒力菌株中，并以独特的方式pIUC1-IncFIB(K)37质粒转移回CRKP。此外，实验显示IncFIB(Mar)质粒在传代培养中迅速丢失，而pIUC1-IncFIB(K)37质粒则稳定存在，表明IncFIB(Mar)质粒的不稳定性可能是大多数临床hv-CRKP分离株缺乏辅助共轭质粒的原因。研究还揭示了杂合质粒pIUC1-IncFIB(Mar)的形成机制，为未来针对hv-CRKP的防控策略提供了科学依据。
第10篇
铁载体合成酶-受体基因协同进化揭示了栖息地和病原体特异性细菌铁相互作用网络
英文题目：Siderophore synthetase-receptor gene coevolution reveals habitat- and pathogen- specific bacterial iron interaction networks
发表期刊：Science Advances
影响因子：11.7
作者单位：北京大学肿瘤医院
涉及的凌恩生物服务产品：细菌基因组完成图
主要研究内容：
本研究通过开发一种基于基因组序列的铁载体相互作用预测方法，分析了1928个假单胞菌基因组，识别出188种不同的铁载体和4547个受体基因。通过共进化配对算法，成功匹配了铁载体与受体，构建了铁载体介导的相互作用网络。结果显示，环境和非致病性物种之间的相互作用网络更为复杂，而人类相关的致病性物种则形成了较小且分散的网络。此外，数学模型表明，单受体生产者之间无法共存，而多受体生产者更易于共存。这些发现为理解微生物群落的生态功能和动态提供了新视角，并为微生物群落的靶向干预提供了潜在策略。
1月部分客户文章列表
凌恩生物以打造国内一流生物公司为目标，在科研测序领域深耕不辍，吸纳多名生物信息高级技术人员加盟，参与并完成多个高科技项目。现已在宏组学、基因组、表观遗传以及蛋白代谢等多组学及联合分析领域积累了深厚经验，打造出成熟的科研服务平台，以优质售前方案和优秀售后服务助力客户在高端国际期刊上发表了大量文章。
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