linux 安装HTSeq

安装HTSeq并不是太难，按照HTSeq安装说明，关键是在我安装好后，导入的时候遇到的很多问题，整理如下：

命令：import  HTSeq 

在python 下导入HTSeq 出现如下问题：

File "numpy.pxd", line 154, in init HTSeq._HTSeq (src/_HTSeq.c:33259)

ValueError: numpy.ndarray has the wrong size, try recompiling

这种错误可能是由于安装了多个版本的numpy，所以重新安装numpy。

重新安装numpy 后，又出现下面的错误：

python 导入包出错：

本来以为是缺少datetime 包，又重新下载安装，结果同样的错误，没解决

最后直接把numpy 和HTSeq包都卸掉，重新安装：

卸载方法：这里numpy 和HTSeq是从源码或者是二进制文件安装的，所以卸载的时候直接进入/usr/lib64/python2.7/site-packages 把 numpy 文件和对应的.egg-info 文件一起删掉。

Python模块常用的几种安装方式

重新安装numpy :进入解压后的numpy目录，

命令：python setup.py build

      python setup.py install

重新安装HTSeq :

进入解压后的HTSeq目录：

命令：python setup.py build

命令：python setup.pyinstall

进入python ，import 包名：

加到环境变量里：

后面的路径是HTSeq 所在的路径

至此问题解决啦。