如何使用Python将fastq文件转化成fasta文件

一、文件介绍

1.1 fastq文件介绍：

第一行：以@开头，包含测序信息；
第二行：序列信息
第三行：符号“+”
第四行：序列测序质量文件，具体参考ASCII码

1.2 fasta文件介绍：

第一行：以">"开头，包含fasta序列介绍文件

第二行：序列信息

二、实施思路：

2.1 第一行测序信息，从第二个字符开始，列表切片提取序列名称，打印输出。

2.2 提取第二行序列信息，打印输出。

三、具体代码：

'''用于fastq文件转换成fasta'''

output_file = open(r"H:\python练习\pythonProject2\test.fa","w")
with open(r"H:\python练习\pythonProject2\test.fastq",'r') as input_fastq:
    for index,line in enumerate(input_fastq):
        if index % 4 == 0:      #打印标题
            output_file.write(">" + line.strip()[1:] + "\n")
        elif index % 4 == 1:     #打印序列，且每40输出一行
            for i in range(0,len(line.strip()),40):
                output_file.write(line.strip()[i:i+40] + "\n")
        elif index % 4 == 2:
            continue
        elif index % 4 == 3:
            continue

四、祝大家 Hello world！