fasterq-dump 报443的那些事

本文讲述了在使用fasterq-dump下载SRA数据时遇到的连接错误,通过尝试prefetch、wget和fastq-dump转换的挑战,以及最后稳定解决方案——逐步下载并使用gzip压缩的fastq-dump。
摘要由CSDN通过智能技术生成

已知SRA编号,不想prefetch下载后再转fastq,好办呀,用fasterq-dump

无需下载,无需转换格式,一条命令全搞定

fasterq-dump --split-files SRR6888774

曾经,,,,,,我这么做也成功过

可是,我太天真了,莫名其妙,报错了:Failed to Make Connection in KClientHttpOpen to 'sra-download.ncbi.nlm.nih.gov:443

找原因?找解决办法?问了身边大神,网络问题。。。

那这我真没招,转而用 

prefetch -v SRR6888774

没错,依旧报错。。。。

我疯了,还好,文件不多,直接上wget -c

结果,要转换,命令:

fasterq-dump -p -x -3 -N -P -f --skip-technical -e 16 SRR6888774

日常这个挺方便,可以显示全过程,结果是下到30%,就卡死了,依旧是:Failed to Make Connection in KClientHttpOpen to 'sra-download.ncbi.nlm.nih.gov:443

我才知道,faster-dump转换虽然可以多进程,但同时也要下载,得了

老老实实

fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR6888774

慢点是慢了点,耐不住他稳当呀.

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