已知SRA编号,不想prefetch下载后再转fastq,好办呀,用fasterq-dump
无需下载,无需转换格式,一条命令全搞定
fasterq-dump --split-files SRR6888774
曾经,,,,,,我这么做也成功过
可是,我太天真了,莫名其妙,报错了:Failed to Make Connection in KClientHttpOpen to 'sra-download.ncbi.nlm.nih.gov:443
找原因?找解决办法?问了身边大神,网络问题。。。
那这我真没招,转而用
prefetch -v SRR6888774
没错,依旧报错。。。。
我疯了,还好,文件不多,直接上wget -c
结果,要转换,命令:
fasterq-dump -p -x -3 -N -P -f --skip-technical -e 16 SRR6888774
日常这个挺方便,可以显示全过程,结果是下到30%,就卡死了,依旧是:Failed to Make Connection in KClientHttpOpen to 'sra-download.ncbi.nlm.nih.gov:443
我才知道,faster-dump转换虽然可以多进程,但同时也要下载,得了
老老实实
fastq-dump --gzip --split-3 -A SRR6888774
慢点是慢了点,耐不住他稳当呀.