R语言-生物序列处理——将excel中的序列合并成一个fasta文件

场景描述：现有一个存储序列（DNA序列或者蛋白序列）的Excel文件，将其中序列合并到一个fasta文件中。

• 序列在Excel中的存放格式如图所示：

 Excel格式说明：表格的第一行是列名，序列从第二行开始放。第一列放序列名，第二列放序列。此sheet需要是Excel文件的第一个sheet，Excel文件命名为“序列表.xlsx.”

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1. 在D盘创建文件夹，命名为“1”；
2. 代码如下：

   library(readxl)
   setwd("D://1")   #设定工作目录
   aaa <- read_excel("序列表.xlsx",1) 
   
   # 创建fasta文件写入流
   fasta_file <- file("序列.fasta", "w")
   
   for (i in 1:nrow(aaa)) {
   
     protein_name <- aaa[i, 1]  
     sequence <- as.character(aaa[i, 2])
     writeLines(paste(">", protein_name), fasta_file)
     writeLines(sequence, fasta_file)
   }
   
   # 关闭文件流
   close(fasta_file)

   ※：需要安装过“readxl”包

3. 运行代码，将在D://1中生成“序列.fasta”文件，任务完成。