R语言-生物序列处理——找出fasta文件中所有的重复序列

场景描述：现有一个存储多条序列（DNA序列或者蛋白序列）的fasta文件，我们需要将其中重复项全部找出来。

fasta文件示例：

1. 在D盘创建文件夹，命名为“1”，将fasta文件重命名为“1.fasta”放于其中；

2. library(stringr)
   library(Biostrings)
   library(readxl)
   setwd("D://1")   #设定工作目录
   fasta_file <- "1.fasta"
   sequences <- readAAStringSet(fasta_file)
   duplicate_indices <- duplicated(sequences)
   s1 <- sequences[duplicate_indices]
   s2 <- unique(s1)
   
   for(i in as.character(s2)){
     
     aa <- which(sequences == i)      
     print(names(sequences)[aa])# 把重复项按行打印出来
   }

3. 运行代码，将按行打印出所有重复项。如下图：

            xulie1，xulie4，xulie5都是相同的，就在一行中显示出来。

             xulie2，xulie6是相同的，在另一行显示出来。