R安装GEOquery包代码

最新推荐文章于 2024-10-08 08:55:13 发布

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文章标签： r语言开发语言

本文链接：https://blog.csdn.net/XDSXDSXDSX/article/details/121615679

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R语言生物信息学 GEOquery BioCManager 包安装

关键词由CSDN通过智能技术生成

options(BioC_mirror="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/bioconductor")
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")

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使用GEOquery 下载并读取数据

m0_75172651的博客

11-21

3426

使用GEOquery 下载并读取数据

RStudio里面package存放路径更改及GEOquery包下载和GEO数据下载

铭&婵旭博客

06-02

9117

一、首先是我的R和RStudio都不是默认安装路径，是安装在其他盘。很讨厌把东西都放在C盘，所以RStudio下载的package也不喜欢放在C盘，于是按照下面操作更改package存放目录。 1.打开RStudio，在控制台输入.libPaths()，会显示如下结果，这是默认的package存放目录。 .libPaths() #[1] "C:/Users/chan/Documents/R/win-library/4.0" #[2] "D:/Program Files/R/R-4.0.0/librar

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安装GEOqueryR包

最新发布

m0_57935159的博客

10-08

582

【代码】安装GEOqueryR包。

关于getGEO包的安装问题

weixin_42247553的博客

11-18

4493

GEOquery软件包安装

R语言下载GEOquery包

llhgj的博客

12-02

8571

GEOquery包下载

GEOquery包下载GEO数据

qq_27390023的博客

09-13

3547

GEOquery包下在GEO数据 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("GEOquery") ## ??GEOquery # 查看包信息 downloadGSE <- function(gse_id,des_dir="."){ # 下载GEO数据集的表达谱数据和表型数据到指定目录默认为当前路径)， # 分别...

使用GEOquery下载GEO数据

Joshua_HIT的博客

02-26

2万+

最近需要下载一大批GEO上的数据，问题是我要下载的Methylation数据根本就没有sra文件，换言之不能使用Aspera之类的数据进行下载。但是后来我发现了GEOquery这个不错的R包，不知道是网络问题还是怎么，GEOquery有时候运行也不太稳定，但是总体来说，很好地解决了我的问题。首先假设我们想要下载的数据是GSE77445，这是一批DNA甲基化数据，我们可以在R语言中安装GEOquery

使用GEOquery包下载原始数据

m0_75172651的博客

11-21

1246

使用GEOquery包下载原始数据

geoquery包下载安装

02-04

要下载和安装geoquery包，首先需要在计算机上安装R语言运行环境。可以在R官方网站上找到适合自己操作系统的R安装程序进行下载和安装。安装完R语言后，就可以开始下载和安装geoquery包。下载和安装geoquery包可以...

GEO数据下载：网页下载和使用GEOquery包

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wuyameng的博客

04-03

2万+

GEO数据下载：网页下载和使用GEOquery包 GEO数据库里的数据是免费的，可以直接在线下载。但是，在下载数据之前你要了解GEO数据库的4个概念和4个数据存放类型： GSE数据编号(Series) GPL数据编号(GEO platforms) GSM数据编号(Samples) GDS数据编号(Datasets) 一篇文章可以有一个或者多个GSE(Series)数据集，一个GSE里面可以有一个或...

GEO基因芯片数据处理精华（一）：GEOquery包

wong2016的博客

12-21

1万+

合作研究请联系QQ 2279055353 GEO(Gene Expression Omnibus)是NCBI(美国国家生物信息中心)下的基因表达数据库，包括各种各样的基因芯片检测技术得到的试验记录与平台信息。GEO是最具知名度的基因表达数据存储数据库，这些数据包括单通道和双通道的微阵列实验，测量对象包括mRNA, 基因组cDNA, 蛋白质冗余物，以及各种非阵列技术，例如，高通量测序技术。现在，...

GEOquery 下载 GEO 数据

dxs18459111694的博客

11-16

1343

（基因表达综合数据库，GEO）公开了很多高通量基因组学数据集。尽管名字很好听，但这个数据库并不是专门针对基因表达数据的。

未能加载包studio package_Bioconductor：GEOquery包

weixin_39724793的博客

11-26

1322

TCGA|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor关于GEO数据库的基本认识和在线使用，可阅读文章：GEO数据库使用教程及在线数据分析工具。本文介绍GEOquery这个包，官方教程地址：http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/vignettes/GEOquery/inst/doc/G...

【生信进阶练习1000days】day13-GEOquery

Yujia's Blog

06-10

1167

学习章节 https://bioconductor.github.io/BiocWorkshops/public-data-resources-and-bioconductor.html 文章目录学习章节学习目标需要预先准备的R包1. GEOquery1.1 Overview of GEO1.2 GEOquery的使用案例：MDS plot of cancer data1.3 Accessin...

Neo4j: Geo Spatial Query

术业有专攻

04-01

872

I follow the spring data neo4j reference guide to import GeoSpatial function in my project likes <dependency> <groupId>org.neo4j</groupId> <artifactId>neo4j-sp...

用GEOquery从GEO数据库下载数据

weixin_46587777的博客

05-23

3880

用GEOquery从GEO数据库下载数据 Gene Expression Omnibus database (GEO)是由NCBI负责维护的一个数据库，设计初衷是为了收集整理各种表达芯片数据，但是后来也加入了甲基化芯片，甚至高通量测序数据！ GEO数据库基础知识 GEO Platform (GPL) 芯片平台 GEO Sample (GSM) 样本ID号 GEO Series (GSE) study的ID号 GEO Dataset (GDS) 数据集的ID号 ## 用法只需要记住三个函数，以及每个函数返回

【GEOquery包学习】

weixin_59294557的博客

04-11

897

上面两种的区别在于，第一种是一个GSE文件，包含list（包含一些附注）、另一个list（包含所有GSM文件）也就是说、一堆GPL。第二种是一个只有一个元素的list，元素是expressionSet（内含MIAME文件、AnnotatedDataFrame、Version），这些文件格式均来自biobase包。要注意，上面的2553恰好所有对象都是一个GPL，如果一个GSE有多个GPL要先过滤然后取出里面的表达矩阵、分组信息，自己创建一个ExpressionSets。1、GDS是GDS文件，

使用GEOquery下载GEO数据库数据超时问题

qq_45806146的博客

09-10

2111

利用GEOquery进行数据下载遇到的超时问题

GEO

博客

06-16

1078

一、简介二、应用场景三、API1.geoadd2.geopos 3.geodist4.georadius 四、相关说明