Ubuntu20.04安装FreeSurfer（HCP pipeline）

The HCP Pipelines have the following software requirements:

FreeSurfer version 5.3.0-HCP available at ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0-HCP

FreeSurfer version 5.3.0 只提供linux和max的下载版本

Ubuntu用户可以使用以下语句进行安装：

1、NB: You must create and install a license file for FreeSurfer by visiting and submitting the FreeSurfer registration form

填写注册信息，邮箱将收到版本码（licence.txt)

2、输入代码

$ sudo apt-get install libjpeg62

3、下载FreeSurfer压缩包

$ wget ftp://surfer.nmr.mgh.harvard.edu/pub/dist/freesurfer/5.3.0-HCP/freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0-HCP.tar.gz

这一步很久（）

4、解压缩(需要切换到root用户）

$ sudo tar -C /usr/local -xzvf freesurfer-Linux-centos6_x86_64-stable-pub-v5.3.0-HCP.tar.gz

5、解压缩之后，把freesurfer添加到环境变量里

$ sudo vim .bashrc

在bash里添加两行

export FREESURFER_HOME=/usr/local/freesurfer
source $FREESURFER_HOME/SetUpFreeSurfer.sh

保存bash后

$ source ~/.bashrc

6、将llicense添加到freesurfer home里

 $ sudo cp /path/to/license.txt /usr/local/freesurfer   #/path/to/license.txt 是你的license txt的路径

license.txt为第一步邮件里的附件