拟南芥基因组序列并简单注释

于 2024-09-04 17:48:22 发布
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轻松查找基因注释，专为拟南芥研究打造

Tair网站的官方基因description很细致，但是tair官方不提供相关文档，以及tair网站经常会卡，因此开发了一个软件利用request请求获得拟南芥基因的序列信息和注释信息

世小代
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snpEff 注释拟南芥的VCF文件
samhuairen的专栏
07-16 1569
1. 下载snpEff 软件，解压即可使用，使用前安装java。 brew cask install java。#macos 系统，其他系统请下载安装 2. 在tair 网站https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FSequences%2FTAIR10_blastsets，https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdo
拟南芥
02-16
6. 变异分析：分析基因组序列数据，查找单核苷酸多态性（SNP）、插入缺失（Indel）等遗传变异，为遗传学研究提供基础。 7. 软件接口：可能提供命令行界面或图形用户界面，方便非编程背景的研究人员使用。 8. 性能...
Ensembl数据库下载参考基因组（植物拟南芥）
wangprince2017
11-20 1万+
Ensembl数据库下载参考基因组 下面以植物拟南芥为例： 1.进入网站：http://plants.ensembl.org/index.html 一些常用的物种列在首页 拟南芥，水稻，玉米等 如果想要得物种不在首页可以点击：View full list of all Ensembl Plants species ；可以得到所有物种的列表； 2. 点击进入拟南芥参考基因组介绍页面； 可以看到拟南芥基因组的介绍信息： 3.下载参考基因组：点击Download D
拟南芥参考基因组
weixin_44874487的博客
08-21 653
阿拉伯芥信息资源 (TAIR) 维护着一个关于模式植物拟南芥（Arabidopsis thaliana）的遗传学和分子生物学数据的数据库。TAIR 提供的数据包括完整的基因组序列、基因结构、基因产物信息、基因表达、DNA 和种子库、基因组图谱、遗传和物理标记、出版物以及拟南芥研究社区的信息。基因产物功能数据每周都会根据最新发表的研究文献和社区数据提交进行更新。TAIR 还在其数据页面上提供了广泛的链接，指向其他拟南芥资源。TAIR10_protein_lists和。然后下载两个版本的蛋白质组就可以了。
拟南芥基因注释
little^raccoon
12-01 2030
Athaliana_447_Araport11.annotation_info.txt文件下载链接 https://phytozome.jgi.doe.gov/pz/portal.html#!bulk?org=Org_Athaliana_er #!/usr/bin/perl my $infile=shift; my $gene_num=shift; my $outfile=$infile.".annotation.txt"; $gene_num-=1; my %anno_hash; $usage="
拟南芥中基因家族序列的提取
hgz2020的博客
08-17 1142
1.拟南芥基因组数据的下载是一个收录植物基因组数据的网站，数据整理比较规范，已 经提供了去除可变剪切的 cds 和 protein 序列文件。只有 gff3 文件需要 过滤处理2. 对拟南芥的注释文件gff3文件进行ID处理，最终得到以下4个文件基因组文件：Ath.genome.fasta基因注释文件：Ath_final.gff3 cds序列文件：Ath.cds.fasta蛋白序列文件：Ath.pep.fasta3.从拟南芥数据库 geneFamily 中下载我们关注的基因家族信息。
如何对基因组序列进行注释
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xuzhougeng blog
09-07 9万+
基因组组装完成后，或者是完成了草图，就不可避免遇到一个问题，需要对基因组序列进行注释。 从头注释(de novo prediction)：通过已有的概率模型来预测基因结构，在预测剪切位点和UTR区准确性较低 同源预测(homology-based prediction)：有一些基因蛋白在相近物种间的保守型搞，所以可以使用已有的高质量近缘物种注释信息通过序...
参考基因组序列下载和转录组数据过滤
BioinfoDu
03-17 965
这个教程也是前面《转录组上游分析》系列教程的中内容，我们今天单独的给作为一个章节来推送出来，因为，并不是所有人都是有这个系列教程有需求，可能你只是对某一个章节的内容感兴趣呢？
Nanopore测序在基因组 de novo中的应用
wangprince2017
02-16 1075
Nanopore测序在基因组 de novo中的应用 自1977年第一代sanger测序问世来，经过几十年的发展，测序技术得到了极大的发展。 从第一代测序到第二代测序再到第三代测序，测序技术的每一次变革都对基因组学的研究产生了巨大的推动作用。 利用第一代测序技术人类完成了拟南芥、线虫、果蝇等模式物种的基因组测序； 第二代测序使得几百个动植物基因组完成了测序，但是第二代测序读长较短，无法跨越基因组中的高重复、高杂合区域，所以用二代测序完成的物种基因组组装质量大都不是很高，甚至一些复杂的物种用二代测序难
使用RepeatModeler和RepeatMasker注释基因组重复序列
xuzhougeng blog
09-18 5625
重复序列注释有两种常用策略，基于同源序列相似性和基于重复序列结构特征。RepeatMasker是基于同源序列相似性注释序列的常用工具, RepeatModeler可用来从头对基因组的重复序列家族进行建模注释，它的核心组件是RECON和RepatScout。 这篇教程介绍如何使用RepeatModeler从头鉴定基因组的重复序列，之后用RepeatMasker根据自...
拟南芥项目
02-14
3. **基因组数据分析**：拟南芥项目的分析可能涉及基因定位、表达谱分析、SNP识别、基因功能注释等。这需要对基因组结构、转录组学和遗传变异有深入的理解。 4. **版本控制**：由于文件名为“ARCANOID-PROJECT-...
分享一个可交互的小场景（二）
一起学习一起进步~
06-25 5842
再看代码： JS部分。
2000-2021年中国科技统计年鉴（分省年度）面板数据集-最新更新.zip
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2000-2021年中国科技统计年鉴（分省年度）面板数据集-最新更新.zip
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Spring Boot Docker 项目：含项目构建、镜像创建、应用部署及相关配置文件，容器化部署.zip
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1、资源项目源码均已通过严格测试验证，保证能够正常运行； 2、项目问题、技术讨论，可以给博主私信或留言，博主看到后会第一时间与您进行沟通； 3、本项目比较适合计算机领域相关的毕业设计课题、课程作业等使用，尤其对于人工智能、计算机科学与技术等相关专业，更为适合； 4、下载使用后，可先查看README.md文件（如有），本项目仅用作交流学习参考，请切勿用于商业用途。
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拟南芥AtHKT1基因cDNA克隆与序列分析
"拟南芥高亲和性K+载体蛋白基因cDNA克隆及其序列特征分析" 在本文中，研究人员王丽、张俊莲等人对拟南芥(Arabidopsis thaliana)的高亲和性钾离子(K+)载体蛋白基因AtHKT1进行了深入研究。他们使用NaCl胁迫处理的拟南...
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