snpEff 注释拟南芥的VCF文件

1. 下载snpEff 软件，解压即可使用，使用前安装java。

brew cask install java。#macos 系统，其他系统请下载安装

2. 在tair 网站https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FSequences%2FTAIR10_blastsets，https://www.arabidopsis.org/download/index-auto.jsp?dir=%2Fdownload_files%2FGenes%2FTAIR10_genome_release上下载基因组序列文件，gff3文件，CDS fasta 序列，protein fasta序列，exon fasta 序列（可省略）

3. 搭建注释的库

在软件解压后的snpEff文件夹下创建一个data 的文件夹，然后在分别创建两个文件夹，一个是genomes, 一个是注释的基因组文件夹，命名同以下config文件中的基因组名字相同，如：我要注释的是拟南芥，取名，athalina.

pwd
~/software/snpEff_latest_core/snpE