LAMMPS学习-in文件模板

in文件按照模块，大体可以分为三类：

一、in文件模板

（1）模拟环境参数设置

这一部分主要设置一些模拟参数，比如模拟体系的单位（units）、边界条件（boundary）、原子类型（atom_style）、邻居列表的定义（neighbor）、时间步长（timestep）等。

（2）体系模型的建立

这一部分的功能就是建立体系的原子模型，通常有两种方式。

第一种方式是使用lammps自带的建模命令建模，比如使用region命令划分区域，create_box命令生成模拟盒子，lattcie确定原子晶格常数，create_atoms生成原子。

使用命令行建模比较抽象，建模过程不是“所见即所得”，为了验证所建模型是否符合要求，可以在建模代码的后面使用write_data命令把模型保持为data文件，在lammps中运行in文件，用ovito观察一下模型是否正确。

第二种建模方式是使用其他软件进行可视化的建模，例如Material studio、Atomsk等软件，建模完成后转换为lammps可以识别data文件，使用read_data命令读入到lammps中。

（3）力场的设置

模型建好之后，需要设置力场参数，也就是常说的势函数设置。

力场的设置分两步，首先设置力场类型，如pair_style、bond_style、angle_style、dihedral_style、improper_style。

之后，设置与之相对于的参数，分别使用pair_coeff、bond_coeff、angle_coeff、dihedral_coeff、improper_coeff。

（4）能量最小化

在正式模拟之前，一般都需要进行能量最小化，消除模型不合理的结构。

能量最小化要在温度初始化之前进行，min_style确定能量最小化类型，minimize命令设置相关参数。

（5）温度初始化

能量最小化之后，就可以进行温度初始化。体系的温度是根据原子的速度计算得到的，因此，温度初始化也就是对原子进行速度初始化。

使用velocity命令按照设定的规律随机设定原子速度，使体系温度设定为一个固定值。

（6）弛豫

在npt、nvt等系综下，对体系进行充分的弛豫，使体系的能量达到最低，获得平衡态的结构。

前面这6部分是模拟准备过程，到此为止，体系已经达到平衡，可以进行下一步模拟。

这6部分的代码在大部分的模拟中都是通用的。

（7）具体模拟设置

这一部分代码与模拟的具体内容有关，比如拉伸、剪切、结晶、吸附等等。设置输出轨迹文件、热力学数据等等，便于后期统计分析。

对于不同的模拟过程，lammps模拟in文件可能会有区别，总体结构类似，大部分代码是重复的。

二、代码示例

#in文件模板

#----------0 参数设置--------------------
variable temperature        equal 300     #初始温度
variable relaxtemperature   equal 300     #弛豫温度
variable tensiontemperature equal 300     #拉伸温度
variable tstep              equal 0.001   #步长
variable tdamp              equal 100*${tstep}   #温度耦合步长
variable pdamp              equal 1000*${tstep}  #压强耦合步长
variable thermalstep        equal 100     #输出模拟结果信息
variable dumpstep           equal 100     #参数输出步长
variable medoldumpstep      equal 1000    #模型输出步长
variable relaxtime          equal 100000  #弛豫时长
variable tensiontime        equal 10000000#拉伸时长
variable pressure           equal 0       #压强控制
variable strain             equal 0.3     #拉伸应变
variable deformrate         equal 0.001   #deform拉伸速率
variable velocityrate       equal 0.001   #velocity拉伸速率

#----------1 模拟参数--------------------
units        metal      
dimension    3          
boundary     p p p      
atom_style   atomic   
atom_modify  map array sort 100 2.0
neighbor     3.0 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
timestep        ${tstep} 

#----------2 体系模型的建立----------------
#输出原子初始结构
read_data       gp.lammpstrj 

#----------3 力场的设置-------
pair_style     airebo 3.0 1 1
pair_coeff     * * CH.airebo C 


#----------4 能量最小化-------
thermo         100
thermo_style   custom step press pe temp ke
dump           1 all atom 100 mini.lammpstrj
min_style      cg  
minimize       1.0e-10 1.0e-10 10000  10000
undump         1
reset_timestep 0

#-----------5 温度初始化--------
velocity        all create  ${temperature}  534567 dist gaussian  units box

#-----------6 弛豫-------------
#能量计算
compute  2 all pe/atom    
compute  pe all reduce sum c_2
variable PE equal "c_pe"
 
#nvt弛豫
thermo          ${thermalstep}
thermo_style    custom  step  temp press lx  ly  lz pe ke etotal
fix             1  all nvt temp ${relaxtemperature} ${relaxtemperature} ${tdamp} 
fix             pe all print ${dumpstep} "${PE} " file PE1.txt screen no
dump            1  all custom   ${medoldumpstep}   relax_x1.lammpstrj  id  type  x  y  z
run             ${relaxtime}
undump          1    #取消fix、dump设定，步数清零
unfix           1
reset_timestep  0

#npt弛豫
thermo          ${thermalstep}
thermo_style    custom  step  temp press lx  ly  lz pe ke  etotal
fix             1  all npt temp ${relaxtemperature} ${relaxtemperature} ${tdamp}  iso ${pressure} ${pressure} ${pdamp}  drag 1
fix             pe all print ${dumpstep} "${PE} " file PE2.txt screen no
dump            1  all custom   ${medoldumpstep}   relax_x2.lammpstrj  id  type  x  y  z
run             ${relaxtime}
undump          1    #取消fix、dump设定，步数清零
unfix           1
reset_timestep  0

#-------7 具体模拟设置-------
#力学性能参数计算
variable        num      equal count(all)   #计算原子数目
variable        toval    equal lx*ly*3.35   #计算系统总体积，单层石墨烯厚度为0.335nm
variable        vol      equal ${toval}     #体系的初始体积
variable        vatom    equal v_vol/v_num  #单个原子体积 
variable        lx       equal lx
variable        lx0      equal ${lx}   
variable        ly       equal ly
variable        ly0      equal ${ly}
variable        xstrain  equal "(lx - v_lx0) / v_lx0" #计算x方向应变
variable        ystrain  equal "(ly - v_ly0) / v_ly0" #计算y方向应变 
compute     stress      all stress/atom NULL          #计算体系中单原子应力
compute     xalls       all reduce sum c_stress[1]    #计算体系中各方向应力
compute     yalls       all reduce sum c_stress[2]
compute     zalls       all reduce sum c_stress[3]
compute     xyalls      all reduce sum c_stress[4]
variable    xstress     equal   "1.0e-4 * c_xalls/v_toval"   
variable    ystress     equal   "1.0e-4 * c_yalls/v_toval"
variable    zstress     equal   "1.0e-4 * c_zalls/v_toval"
variable    xystress    equal   "1.0e-4 * c_xyalls/v_toval"

#具体模拟设置
thermo          ${thermalstep}
thermo_style    custom   step  temp lx  ly  lz v_xstrain v_ystrain v_xstress  v_ystress   pe  ke etotal
fix             2  all   npt temp ${tensiontemperature}   ${tensiontemperature}  ${tdamp}    y ${pressure}  ${pressure} ${pdamp}  z ${pressure}  ${pressure} ${pdamp}   drag 1
fix             3  all   deform 1 x erate  ${deformrate}  remap x  units box
fix             4  all   ave/time 1 ${dumpstep} ${dumpstep}   v_xstrain  v_ystrain   v_xstress  v_ystress   file  x.txt
dump            2  all   custom ${medoldumpstep}  load_x.lammpstrj id  type  x  y  z c_stress[1] c_stress[2] c_stress[3] c_stress[4] 
fix             5  all   halt   ${dumpstep}    v_xstrain >  ${strain}  error  continue #拉伸终止
run             ${tensiontime}

本文参考公众号：lammps加油站

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