Pymol对蛋白进行定点突变后的氨基酸替换

最新推荐文章于 2024-12-27 10:25:54 发布
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分类专栏： 生物分子 文章标签： 笔记 经验分享
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本文链接：https://blog.csdn.net/ZhangYiwen_Ya/article/details/136700983
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本文介绍了如何在IT技术背景下，通过特定工具如Wizard和Mutagenesis功能，对蛋白质结构中的氨基酸进行替换，如将His替换成ILE，以及如何在完成操作后保存更改。步骤包括展示序列模式、选中并替换残基、应用新氨基酸并最终保存文件。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

  1. 打开蛋白结构：“S”显示序列。
  2. 显示氨基酸残基名称：上方工具栏Display----Sequence Mode----Residue Names。
  3. 氨基酸替换：以51位His组氨酸为例假如突变为异亮氨酸ILE，选中His----Wizard----Mutagenesis----Portein----重新选择组氨酸----右下工具栏No Mutation--- ILE (异亮氨酸)----Apply----Done（必须要点击才结束）。
  4. 保存：左上角任务栏File----Expoet Molecule----OK----选择保存的文件夹----重新命名----保存。

 

Pymol 常用指令：mutation in Pymol
Daisy4的博客
03-18 1574
Pick-#73 Glu, Color->yellow, 可以看到黄色是点突变以后Trp, 红色是原来的Glu. 点击Apply保存就只剩下黄色的Trp了。点show->stick;最近想尝试突变是否会改变蛋白质结构，想起来之前安装的Pymol有蛋白质可视化功能，所以小小记录一下。可以看到，做完点突变后，周围残基并没有发生构象上的变化，意味着pymol不会自动做能量最小化处理。3. 点Wizard->Mutagenesis->protein;OK，介绍 1b27蛋白质第73个残基由E变成W的过程。
旋毛虫丝氨酸蛋白酶抗原基因的定点突变及表达
02-22
它允许研究人员对基因序列中特定的核苷酸进行改变，以研究这些突变对蛋白质功能的影响。在本研究中，将T668基因中编码的酶活性中心的两个重要位点（第259位的丝氨酸和第240位的丝氨酸）突变成疏水性丙氨酸，这可能是...
Pymol教程--蛋白位点突变
发呆的比目鱼的博客
06-02 5117
Pymol教程--蛋白位点突变
网络药理学：9、分子对接前置处理：pymol（显示氨基酸序列、去水、去离子、调整背景、保存PDB/mol/png文件）与常用操作（命令行相关、查看蛋白链数）、UCSF Chimera补全氨基酸残基
shanshan的博客
08-07 4549
本次Pymol演示涉及到的蛋白质有PUB ID为7DHG和5T01，已经下好PDB格式文件。，该视频讲解了蛋白质结构的显示方式。
pymol入门教程-1：
最新发布
weixin_62528784的博客
12-27 3499
pymol中文开源文档
chimera添加氨基序列
weixin_43395957的博客
08-12 2034
之后界面需要修改如下下面几处，将1处的target改成你想要生成的序列（比如我的是S），2处修改成同源建模的比对序列(原始蛋白1rjb)，3处需要填写你申请的license key，注意这里需要的是Modeller的license,可以在。保存界面：1.选择想保存的路径，2.选择保存文件的命名，3.选择保存模型，4.选择保存方式(如图为选择分别保存而不是整合成一个)，5.选择保存方式（这里我需要用AMBER）所以选择了AMBER，之后选择。姓名机构什么的瞎填就行，但是邮箱一定要填对，之后会发给你序列号。..
氨基酸替换矩阵
qq_29423387的博客
02-26 5030
得分矩阵PAM与BLOSUM的比较与区别 对于蛋白质序列，计分矩阵主要用于记录在做序列比对时两个相对应的残基的相似度，一旦这个矩阵定义好了以后，比对程式就可以利用这个矩阵，尽量将相似的残基排在一起，以达到最好的比对。 得分矩阵主要有两种，第一种就是PAM（Point Accepted Multation)，另一种就是BLOSUM。 1、PAM矩阵（Point Ac...
用pymol确定目标氨基酸所接触的其他氨基酸并上色
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Zhao_knight的博客
06-15 1万+
使用工具pymol实现确定某残基相互作用其他残基
Pymol绘制点突变笔记
liugudi的博客
10-16 1270
9. 导出图片：先保存突变，clear突变后保存野生型。1. 按照参考文件2，使用uniprot蛋白编码在。3. 点击右下角SEQ按钮，选择需要突变的位点。4. 对选中的位点使用sticks展示。strain代表空间位阻，选择最小的。2. 使用pymol打开pdb文件。7. 右下角选择需要突变的氨基酸。本篇笔记供个人使用，请谨慎参考。8. 点击需要突变的氨基酸。
PyMol选择配体周围的氨基酸残基
MurphyStar的博客
08-04 7761
经常使用做蛋白质和小分子的可视化，可以直接生成用于文章发表的高质量图片，图片生成可参考等教程。但是，用了这么久一直没发现。考虑到目前很多深度学习算法用口袋周围的氨基酸来计算预测亲和力、并在一些场景下我们想聚焦只关注配体周围局部范围内的氨基酸与其相互作用，因此需要在pymol中达到这一功能。在预设的Action中并不存在这种可扩展的选项，但pymol的命令行可以实现这一功能，很简单，只需一行即可。
pymol简单操作
01-05
基本的pymol操作，入门级的基本操作，非常实用。
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07-25
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Lysl21-Ile的定点突变对人尿胰蛋白酶抑制剂热稳定性的影响 (2010年)
05-24
为检验人尿胰蛋白酶抑制剂（UTI）两个结构域中的盐键的稳定性对UTI热变性可逆性的影响，将UTI中的Lys121突变成Ile以中断Glu69与Lys121之间形成的盐键，并命名为△UTI。然后对△UTI进行表达纯化和热解折叠实验。结果...
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03-28 8932
这里以移动蛋白分子中的一个残基为例，如果要移动较多残基的话只需要选中多个残基即可。 任意打开一个 pdb 文件，show as lines。 点击 Pymol 右下角 S 显示蛋白残基序列。 在这里为了方便演示，就 copy 一个残基来说明操作方法。任意选中一个残基 -> A -> copy to object。 右键点击 Pymol 右下角。选择 editing 编辑模式。 选...
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发呆的比目鱼的博客
03-06 5717
Pymol 移动配体操作
pymol使用
yin1331102028yin的博客
12-08 2208
1.对于around用法：Selects atoms with centers within X Angstroms of the center of any atom in s1。2.对于expend用法：Expands s1 by all atoms within X Angstroms of the center of any atom in s1。select 5A， byres ligand around 5[/code] PS： 配体5埃范围内的残基。补充：对于选择几埃范围内的原子。
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