【tips】Linux，使用Aspera上传测序数据至NCBI的SRA

（2023.3.17）简单的操作，记录一下。

1. 注册账号，后续的上传进程会通过账号对应的邮箱进行联络

2. 进入上传界面
   

3. 填写文件信息、model文档和SRA文件信息，这里就不写了，有很多介绍相关内容的帖子。在SRA文件中输入的文件名就是我们之后需要上传的内容了。

4. 进入上传文件步骤后，会有三种选项，这里后续介绍和使用的是速度最快的Aspera。

快进到上传数据

点开Instruction可以看到NCBI给出的说明文档，包括你需要的信息
① NCBI给你分配的位置（$MY_PATH）
② 用于上传数据的Aspera密钥（aspera.openssh）
③ 你需要为你上传的文件创建一个新文件夹（$NEW_DIR）

简单来说，他们在仓库为你分配一个房间，给了钥匙，要求你存放物品需要装箱，而不是胡乱堆放。
甚至直接给了代码，很贴心吧。

获取以上信息后，上代码。这里举例上传了一个文件。

# 预先使用conda或其它途径安装Aspera
ascp -i "/download/aspera.openssh" -QT -l100m -k1 -d "mydata/mydata1_R1.fq.gz" subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/$MY_PATH/$NEW_DIR

备注

1. 如果使用FTP上传需要使用instruction给出的账号&密码登陆、cd到个人文件夹并新建上传用文件夹，Aspera就不必，以上命令会自动在目标位置建立你定义的$NEW_DIR。
2. 由于是本地命令，支持按照个人习惯调整传输代码。

后续

上传完成后等待约10min，就可以在待选择文件夹里面指定我们新建的文件夹了。

检查无误后我们——