# MAC OS系统通过aspera上传数据到NCBI

MAC OS系统通过aspera上传数据到NCBI

1.登陆aspera官网:https://www.ibm.com/products/aspera/downloads,下载IBM Aspera Connect

2.安装完成后,打开mac的终端,上传数据。

3.下载ncbi给的密钥文件,复制一下ncbi给的代码,替换密钥的绝对路径和文件储存的绝对路径。
注意:要注意的是想要运行aspera必须要使用绝对路径,不能cd到bin目录直接使用。

示例:

/Applications/Aspera\ Connect.app/Contents/Resources/ascp 
-i  /Users/xxx/Downloads/aspera.openssh 
-QT -l100m -k1 
-d /Volumes/rawdata  
subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:xxxx
好的,下面是三种下载NCBI GEO数据的方法: 方法一:使用wget命令下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 复制FTP链接,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar; 5. 在Linux终端中输入wget命令下载数据,如:wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar。 方法二:使用rsync命令下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 复制FTP链接,如ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar; 5. 在Linux终端中输入rsync命令下载数据,如:rsync -avP rsync://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar . 方法三:使用Aspera Connect下载GEO数据 1. 打开NCBI GEO网站(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/); 2. 在搜索框中输入GEO数据的ID,如GSE12345; 3. 在搜索结果页面中点击“FTP”按钮,进入FTP页面; 4. 点击“Aspera Connect”按钮,下载并安装Aspera Connect客户端; 5. 在Linux终端中输入ascp命令下载数据,如:ascp -QT -l 300m -P 33001 -i /path/to/aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh era-connect://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/geo/series/GSE12nnn/GSE12345/suppl/GSE12345_RAW.tar .。 以上是三种下载NCBI GEO数据的方法,希望能帮到您。
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