rnaseq 使用salmon之后的下游分析报错

在进行RNAseq数据处理时,使用Salmon进行定量分析后遇到了下游分析的错误。通过查阅资料,在R环境中尝试了特定的解决方案,实践表明该方法能够成功运行。
摘要由CSDN通过智能技术生成

报错如下:

reading in files with read_tsv
1 2 3 4 5 6 
Error in .local(object, ...) : 
  None of the transcripts in the quantification files are present
  in the first column of tx2gene. Check to see that you are using
  the same annotation for both.

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使用 HISAT2 工具对 RNAseq 数据进行比对和分析的基本步骤如下: 1. 准备好参考基因组的 HISAT2 索引文件和 RNAseq 数据,可以使用 HISAT2-build 工具创建索引文件,使用 fastq-dump 工具下载 RNAseq 数据。 2. 使用 HISAT2 工具将 RNAseq 数据比对到参考基因组上,生成 SAM/BAM 格式的比对结果。HISAT2 的命令格式如下: ``` hisat2 [options] -x <ht2-index> -U <reads.fastq> -S <samfile> ``` 其中,-x 选项指定 HISAT2 索引文件的路径,-U 选项指定 RNAseq 数据的路径,-S 选项指定输出的 SAM 格式文件的路径。 例如,假设 HISAT2 索引文件的前缀为 genome,RNAseq 数据的文件名为 sample.fastq,生成的 SAM 格式文件的文件名为 sample.sam,则比对命令如下: ``` hisat2 -x genome -U sample.fastq -S sample.sam ``` 3. 将 SAM 格式的比对结果转换成 BAM 格式,并进行排序和索引。可以使用 SAMtools 工具来完成这个过程,命令如下: ``` samtools view -bS <samfile> | samtools sort -o <sorted.bam> samtools index <sorted.bam> ``` 其中,<samfile> 是 HISAT2 生成的 SAM 格式文件的路径,<sorted.bam> 是排序后的 BAM 格式文件的路径。 4. 使用 StringTie 工具进行转录本重构和定量分析。StringTie 可以从 BAM 格式的比对结果中重构转录本,并进行定量分析。命令如下: ``` stringtie <sorted.bam> -G <annotation.gtf> -o <output.gtf> ``` 其中,<sorted.bam> 是排序后的 BAM 格式文件的路径,<annotation.gtf> 是已知基因组注释的 GTF 格式文件的路径,<output.gtf> 是 StringTie 输出的 GTF 格式文件的路径。 例如,假设已知基因组注释的 GTF 文件名为 annotation.gtf,StringTie 输出的 GTF 文件名为 output.gtf,则命令如下: ``` stringtie sorted.bam -G annotation.gtf -o output.gtf ``` 5. 根据需要进行其他分析,比如基因差异表达分析、富集分析等等。可以使用常见的生物信息学分析工具,比如 DESeq2、edgeR、GOseq 等等。
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