1.常见报错信息:
Error 1 ERROR: compilation failed for package 'preprocessCore'
*removing 'C:/Users/surface/AppData/Local/R/win-library/4.3/preprocessCore'
错误:package or namespace load failed for ‘clusterprofiler'in loadNamespace(j <- i[[1L]],c(lib.1oc,
,libPaths()),versionCheck =vI[[j]]):不存在叫‘GOSemsim'这个名字的程辑包此外:Warning message:
程辑包'clusterprofiler'是用R版本4.4.0来建造的
……(其他报错未记录,总之报错五花八门,或下载时就卡住不继续进行)
2.解决思路step by step:
2.1确认Rstudio的镜像选择正确,如China (Beijing 1) [https] - TUNA Team, Tsinghua University
2.2考虑在Bioconductor官网本地下载后导入
方法一:搜索引擎搜索"preprocessCore install"选择Bioconductor官网
Bioconductor - Installhttps://bioconductor.org/install/方法二:进入官网(链接如上) > packages > 下拉找到Packages found under software检索需要下载的包名(eg:preprocessCore) > 进入后下拉在Package Achieves中选择适合自己电脑系统的版本,比如win选择Windows Binary版本/.zip结尾,(tar.gz原理上可行,但我在后续操作中遇到了问题)> 键入代码:install.packages("your file path", repos = NULL, type = "source")
2.3如遇到compilation failed/Rtools相关报错时,优先考虑Rtools安装问题
Rtools做为Win系统的重要工具在安装R/Rstudio时不会自动安装,在清华镜像站中进行安装:https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/ (按网站提示即可安装,也可以继续网络检索相关教程)
2.4如遇到相关xx包未安装/前置xx包未安装,尝试安装一下(可能会发现有套娃现象,不太推荐)
2.5检查BiocManager和R版本是否匹配!(非常重要)
使用代码检查包版本:package_version(package name)
使用代码检查R版本:R.version.string
是否匹配参加Bioconductor官网(R4.4.0匹配Bioconductor3.19版本)
2.6如果尝试这些操作均无果,那么考虑终极简单粗暴且好用的解决办法……
重装
将你系统里的老R/老Rstudio/老R包全部删除卸载重启(干净卸载依旧可以检索教程,很全),按照最开始的办法重新下载(同上)最新版本的R/Rstudio。此法非常有效可靠,与反复折腾报错的时间相比甚少,甚至重装以后各种奇怪报错都不出现了,值得拥有