miRDeep2 学习及安装篇

一、mirDeep2安装

 

下载和解压

wget http://mdc.helmholtz.de/38350089/en/research/research_teams/systems_biology_of_gene_regulatory_elements/projects/miRDeep/mirdeep2_0_0_5.zip

unzip mirdeep2_0_0_5.zip

 

如果用mirDeep2自带的install.pl安装会遇到下载的文件不存在的情况，比如bowtie

那么你需要自己安装几个软件。解压后的路径下面有个README里面详细介绍了如何自行安装mirdeep2。不过有些细节需要修改。

首先，下载几个必须的package，下载到/home/disk6/src路径下，解压也都在这个路径下完成

 

（ps：所有附带安装软件的网址，参照下载好的mirdeep2目录下的README） 

 

bowtie                  #version 0.12.7

ViennaRNA-1.8.5.tar.gz

squid-1.9g.tar.gz

randfold-2.0.tar.gz

PDF-API2-0.73.tar.gz

perl                   #我的版本是 5.10.1

 

~~~~~~~~~~安装bowtie

unzip bowtie-0.12.7-linux-x86_64.zip

解压后就是可执行的二进制文件，不需要编译，省心啊

把bowtie加入环境变量

 

~~~~~~~~~安装ViennaRNA

tar -zxf ViennaRNA-1.8.5.tar.gz

cd ViennaRNA-1.8.5

./configure --prefix=/home/disk6/tools/ViennaRNA  #/home/disk6/tools/是我安装软件的路径，我把常用的软件都安装到这里，或者建立ln -s到tools下面相应的目录，然后一个个放到path中

make

make install

 

~~~~~~~~~安装squid-1.9g.tar.gz和randfold-2.0.tar.gz

 

tar -zxf squid-1.9g.tar.gz

cd squid-1.9g

./configure --prefix=/home/disk6/tools/squid    #只有configure之后才有squid.h文件，这是下面的randfold2.0需要的文件

make

make install

 

tar -zxf randfold-2.0.tar.gz

cd randfold2.0

编辑Makefile文件，将INCLUDE=-I这一行替换为INCLUDE=-I. -I/home/disk6/src/squid-1.9g/ -L/home