miRDeep分析microRNA测序数据流程

microRNA的分析过程：
microRNA测序数据分析选用软件miRDeep，关于这个软件，有文章：
Discovering microRNAs from deep sequencing data using miRDeep,Nature Biotechnology 26, 407 - 415 (2008)  
引用次数：251次 
链接：http://www.nature.com/nbt/journal/v26/n4/abs/nbt1394.html

分析流程如下：
第一步 去接头！（如果你的测序数据是等长的，远大于microRNA的长度18~26的话，那肯定没去过接头）
$  mapper.pl  file−d−h−i−j−k file−d−h−i−j−kadapter -l 18 -m -s $file.collapsed
第二步 回贴  将去过接头的reads回贴回参考基因组
mapper.pl mapper.plfile.collapsed -c -p  genome−t genome−tfile.aln
第三步 鉴定miRNA  已知的miRNA或是新的miRNA都会被鉴定出来，而且表达量也会报出
miRDeep2.pl miRDeep2.plfile.collapsed  genome.fa genome.fafile.aln  mature.fa mature.fahomology.mature.fa  pre.fa−t pre.fa−tspecies.name -c 2>$file.report.log
第四步  如果你有一个miRNA的集合 先跳过第三步直接做定量的话

quantifier.pl−p quantifier.pl−ppre.fa -m  mature.fa.−r mature.fa.−rfile.collapsed -U &