Clip染色质免疫沉淀(CLIP测序)

技术服务描述

Clip(crosslinking-immunprecipitation)染色质免疫沉淀

Clip(crosslinking-immunprecipitation)染色质免疫沉淀，是一项体内研究RNA分子与RNA结合蛋白相互作用的革命性技术。其主要原理是基于RNA与其相应的RNA结合蛋白会在紫外照射下会发生共价结合，以RNA结合蛋白的特异性抗体将RNA-蛋白复合物沉淀之后，回收其中的RNA片段，进行qRT-PCR检测或测序分析。最近，这项技术也被应用于microRNA的靶标鉴定。

服务优势

1经紫外照射，细胞内的RNA与相应的RNA结合蛋白交联，增强RNA与蛋白的结合能力

2可检测多种RNA，如LncRNA、mRNA、microRNA。

3可通过mRNA的差异表达，检测microRNA的靶标mRNA。

4 PAR-Clip可精确定位RNA与蛋白的结合位点。

服务内容

研究RNA与RNA结合蛋白的相互作用

研究microRNA的靶标mRNA

服务流程

1状态良好的细胞在356nm的紫外灯下照射一定时间

2收集细胞，制成蛋白提取液

3磁珠与抗体孵育

4带有抗体的磁珠与蛋白提取液孵育

5清洗磁珠，加Trizol提取RNA，进行qRT-PCR或测序分析

Clip与RIP的区别

Clip与RIP的共同点：都是用于研究RNA与RNA结合蛋白互作的实验方法

Clip的优势：Clip与RIP的实验方法基本一致，Clip在细胞裂解前要经过紫外的照射。活细胞经紫外照射后，RNA与RNA结合蛋白会发生共价结合，结合能力强。而RIP细胞中的RNA与RNA结合蛋白通过氢键和范德华力结合，结合能力较弱。因此，RIP实验的洗脱过程中，会损失大量的RNA，而Clip实验有效的避免了这一点。

客户提供

IP级别的蛋白抗体

所研究的细胞株

如期提供

qPCR原始数据及处理结果，测序分析原始数据及处理结果