第十二章 非编码RNA与复杂疾病

i. 前言

a. non-coding RNA（ncRNA）简介

不能翻译成蛋白的功能性RNA分子

• Housekeeping non-coding RNA
  • tRNAs、rRNAs、snRNAs etc
• Regulatory non-coding RNA
  • Long non-coding RNA（lncRNA，＞200nt）
  • Small non-coding RNA
    • siRNA、miRNA、piRNA etc
• Circular RNAs（circRNA）

b. 非编码RNA发展

ii. miRNA与靶基因

a. 非编码RNA的概念和分类

• 物种间细胞的数量和种类差异很大
• 科学家认为高等生物扩宽其分子水平差异并不取决于基因的数目，而主要依靠对基因表达的调控来完成
• 人类基因组绝大部分都被转录成RNA，细胞内非编码RNA的数量是编码RNA的上百倍。这促使许多科学家认为生物体复杂性被隐藏在它们所输出的非编码RNA内，而非编码序列内。

b. microRNA的概念

microRNA简称miRNA，一类进化上保守的内源性的非编码RNA，长度约22个核苷酸，在转录后层面调控基因的表达

c. microRNA的发现

d. miRNA的生物合成

miRNA gene 核内转录（RNA poly Ⅱ、Ⅲ）→ primary miRNA（几百-几千碱基） 核内剪切 （Drosha）→precursor miRNA（~70-90碱基） 细胞质剪切(Dicer)→ mature miRNA（~22碱基）

• microRNA命名规则

  Has-miR-181a-2*

  • hsa人，mus小鼠，rat大鼠

  • let，lin，mir，miR

  • 181：编号，按注册顺序

  • a：与已注册的miRNA序列高度同源

  • 2：由不同染色体上的DNA序列转录加工而成的具有相同成熟序列的miRNA，则在后面加上阿拉伯数字以区分

  • *：如果一个前提的2个臂分别产生miRNA，则根据克隆实验，在表达水平较低的miRNA侯加“*”；

  • 或进行如下命名hsa-miR-188-5p（或hsa-miR-188-3p）

    • 5p:表示从5‘端的臂加工而来；3p表示从3’端的臂加工而来

e. miRNA一般特点—miRNA家族/簇

i. 物理位置特点

• miRNA基因以单拷贝，多拷贝和基因簇等多种形式存在于基因组中。

• miRNA簇（miRNA clusters）是指在染色体上彼此紧密相邻的两个或多个miRNA构成的miRNA

• miRNA倾向于成簇出现在染色体上：通常定义50kb的距离为一簇

• 同一簇中的miRNA倾向于共表达的

  • （特别是种子序列）高度同源的miRNA被归为一个miRNA家族
  • 同一家族中的miRNA并不一定是成簇的

ii. 序列特点

• 非编码性
• 成熟的miRNA5‘端为单一磷酸基团，3‘端为羟基，这一特点使它与大多数寡核苷酸和功能RNA的降解片段区别开来

iii. 表达特点

• miRNA具有时序性以及组织特异性
  • 在特定的时间，组织中才会表达

iv. 保守性特点

• 物种间高度保守

f. miRNA作用机制

• 通过和靶基因3’UTR（3’非翻译区）结合
• 导致RNA诱导的沉默复合体（RNA-induced silencing complex，简称RISC）降解其靶mRNA或阻碍其靶mRNA的翻译
• 抑制或降解/切割
  • 取决于miRNA与靶mRNA的互补程度
  • 两者完全互补
    • 降解
  • 两者不完全互补
    • 抑制翻译
  • 作用场所
    • 主要是细胞质
• 调控特点
  • miRNA与其靶基因是多对多的关系；~60%人类基因
    • 一个miRNA可以调控多个靶基因
    • 一个靶基因受多个miRNA调控

g. miRNA识别（基于测序数据）

i. 基本生物信息学分析
ii. 未知miRNA检测
iii. 构建已知和新的miRNA的表达谱（RPM）

h. miRNA的功能

• miRNA行使功能主要依靠抑制下游基因表达，减弱或消除下游基因的功能，以这种间接方式来实现对生理病理状态的调节。
• miRNA的功能涉及到各种生理病理过程，包括：发育过程调节、抵抗病毒入侵、动物免疫功能调节、各器官/系统疾病以及肿瘤等
• miRNA的基因调控作用将是一个复杂的网络状结构

i. miRNA与发育

• 线虫发育过程中miRNA控制发育时序。线虫发育过程中众多miRNAs参与了发育时序的调节，包括lin-4、let-7等
• Dicer敲除的小鼠在发育的第7.5天会死亡，提示miRNA在发育中有重要作用
• 在T细胞发育过程中，敲除Dicer之后，会阻碍CD8+T细胞的发