保姆级教程-使用Multiwfn图形化展示分子动力学模拟体系中的孔洞、自由区域

背景：由于课题需要，之前所用的后处理程序是同门师姐给的框架，根据自身体系进行修改内容，但计算出的结果是数值，而不是可视化的直观样式。那天同门师兄给我推荐了个链接说可能用得到。最近一些事情耽搁了下，现在按操作流程处理并记录。

该篇内容是默认你已经具备了基础的分子动力学知识和检索学习的能力（即：如有疑问请百度~）

步骤：

1. lammps运行输出原子坐标（这里以体相EmimNTF2的离子液体为例）

dump 1 all custom 20000 dump.lammpstrj id mol type element x y z ix iy iz
dump_modify 1 sort id element CR NA CW CM CA CT HR HW HM HT NBT SBT OBT CBT F1
 

2. 处理输出的轨迹文件（dump.lammpstrj）为pdb格式（Multiwfn可识别的其它格式也可）

从服务器上下载dump.lammpstrj到本地，用Notepad++打开，选取一帧里完整的内容到Excel

（刚刚输出的轨迹文件格式如下，复制带坐标行的即可）

 

选中复制的数据，在菜单栏依次点击数据-分列-下一步-空格-完成，将所选数据按空格分开

再将有用的原子名称和坐标单独复制到新建的xyz文件中，仅保留原子的元素名（ctrl+alt按列选中后下拉删除，再按需要补齐空格）

保存成.xyz文件格式，用VESTA打开，转换成.pdb格式（File-Export Data-选中PDB格式）

3. Multiwfn后处理（有一些小细节需要注意，我也是尝试了2h左右才摸清楚一些问题的原因）

启动Multiwfn程序，即双击安装包里的这个.exe文件

拖入刚刚转换得到的.pdb文件 ，拖入后会显示路径（路径中不要有中文，否则闪退）

 无误后回车</