centos 安装 SRAtoolkit

官方指导链接：https://github.com/ncbi/sra-tools

1、下载和解压

wget --output-document sratoolkit.tar.gz https://ftp-trace.ncbi.nlm.nih.gov/sra/sdk/current/sratoolkit.current-centos_linux64.tar.gz

tar -vxzf sratoolkit.tar.gz

2、添加环境变量

vim ~/.bashrc

在最后加入：

export PATH=$PATH:$PWD/sratoolkit.3.0.0-mac64/bin

如图：

 输入以下代码进行测试：

which fastq-dump

测试结果如下：

快速配置：

There are only a handle of options that need to be enabled to be able to access public and controlled-access data in the cloud. To start the configuration, please run:

只有一些选项需要启用才能访问云中的公共和受控访问数据。要启动配置，请运行:

vdb-config -i

在这里，通过按下每个选项中红色的字母选择该选项；或者通过tab键移动红色光标，按空格或回车键选择

在cache中，

此页控制缓存行为。

“启用本地文件缓存”复选框启用文件缓存。只有在特殊情况下(例如，计算机集群) ，如果无法配置公共位置，才应该禁用此功能。

您可以设置两个不同的位置: “ public user-repository”和“ process-local”。如果两者都配置了，则忽略“ process-local”。

区别在于“public user-repository”是持久的。这意味着，如果一个工具使用了一个特定的加入，缓存文件保留在这个位置。如果同一个或另一个工具再次使用这个加入，就不需要访问远程位置，从而提高了速度。有一个特殊的工具“ cache-mgr”来删除缓存文件，如果不再需要或者空间不足。

“ process-local”缓存在工具完成工作时自动删除。这也将提高速度，因为从远程位置请求大块。如果请求更大的块，则 AWS 和 GCP 等远程位置的操作要快得多。

请注意，只能选择空目录作为“公共用户存储库”的位置如果没有另外选择，“公共用户存储库”也是预取工具放置下载的位置。(见最后一页“工具”)

除了缓存文件，缓存代码还使用 RAM。这是本页的最后一个设置。您可以调整[ + ]和[-]按钮使用的 RAM 数量。如果本地文件缓存被禁用，RAM 缓存仍将被使用。如果选择零兆字节，代码将使用默认值。

 

 

此页控制如何访问 AWS 上的数据。

第一个按钮“接受 AWS 的收费”，如果启用，允许您在需要付费时访问 AWS 上的数据。第二个按钮“报告云实例标识”(如果启用)允许您免费访问 AWS 上的公共数据。要做到这一点，该工具需要报告您的位置。

如果需要付款，则需要提供凭据。通过“choose”按钮，您可以选择一个包含这些凭证的文件。如果文件包含多个配置文件，您可以在“配置文件”输入字段中选择要使用的配置文件

 

 

此页面控制如何访问GCP的数据。

如果启用第一个按钮“接受GCP费用”，则可以在需要付款时访问GCP上的数据。第二个按钮“报告云实例标识”（如果启用）允许您免费访问GCP上的公共数据。要做到这一点，该工具需要报告您的位置。

如果需要付款，您需要提供凭证。使用“choose”按钮，您可以选择包含这些凭据的文件。

 

 如果网络配置需要，您可以在此页面上输入代理。

“使用http代理”按钮可以使用代理。在代理字段中只输入代理的DNS名称或IP地址。在端口字段中输入端口号。向您的网络管理员询问有关您的环境的数据。

此页面控制特定工具的设置。到目前为止，这里只有一个预取工具的设置。您可以选择预取工具将加入下载到的位置。默认设置为“公共用户存储库”。通过此选择，预取工具将下载的加入存储到上面缓存页面上选择的目录中。这样做的效果是，工具将自动找到下载的附件，而无需指定特定的目录。例如，您可以键入“fastq dump SRR000001”（不带.sra！），该工具将在公共用户存储库中的文件“SRR000001.sra”中为您找到登录项。如果选择“当前目录”，预取工具会将下载的加入存储在当前工作目录中。在这种情况下，您必须为工具指定正确的登录路径。例如“fastq dump/home/user/my_dir/SRR000001.sra”。（带.sra！）