病理图像处理个人手札（一）切片制作&预处理-标准化

我们常说的病理图像就是指用玻片在扫描仪下拍摄的高分辨率图像（mm级）

病理组织切片制作过程详解：
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病理图像先要进行预处理，标准化是很重要的一个步骤

主要比较主流的方法有三种：灰度直方图标准化，一个是颜色的标准化，一个是光谱的标准化。按照字面意思其实就是将所有图片都转化成模板图片灰度分布，将所有图片都转化成模板图片颜色（RGB）分布，将所有图片都转化成模板图片光谱（即染料的颜色空间，有多少种染料就有多少种颜色空间）分布。

①颜色上的标准化，就是一种处理不同图像颜色上的差异的方法。其原理是将所有的图片都标准化到同一张模板图片的颜色分布上
color normalization或者是stain normalization

前面两种的缺点是，灰度分布的方式要求两个图片的灰度分布都差不多，但往往图片的灰度分布差异还是挺大的，而且转化的过程中可能丢失很多结构和颜色的信息。颜色转换的方式可能会丢失结构信息，而且有监督的颜色转化算法计算量非常大。

最新的算法是一种保存结构和颜色标准化算法，属于光谱匹配的方式。他保存了图片的结构，而是标准化了颜色，并且计算量上面还是可以接受的。下面给出论文名字，论文中有matlab源码的下载链接：
Structure-Preserving Color Normalization and Sparse Stain Separation for Histological Images
但是需要说明的是，这种标准化方法只适合HE染色的病理图像，对于IHC染色的不适用。具体原因是因为染料的显色方式不同。