R包 monocle/monocle3 安装含异常处理

学习生信的小伙伴们快看过来，看看你们是否有以下问题：

• 环境不会装，身为 Linux 小白是不是从入门就开始抓瞎，甚至直接放弃？ 专业技术帮助
• 数据太大，自己的电脑完全跑不动？ 服务器级别性能支持
• 想买服务器却又发现价格太贵？ 超划算的方案
  快来了解一下我们的共享云服务器吧！20 核心、256G 运行内存、512G 硬盘，特惠仅需 899 元起！
  西柚云超算

点击链接可注册体验 5 小时，更多帮助可加地球号：YFlalalaa 【备注：生信云】

一.介绍

单细胞转录组测序（sc-RNA-seq）实验使我们能够 发现新的细胞类型，并帮助我们了解它们在发育过程中是如何产生的。 Monocle 3 软件包提供了一个用于分析的工具包 单细胞基因表达实验。

Monocle 3 可以帮助您执行三种主要类型的分析：

• 对细胞进行聚类、分类和计数。单细胞 RNA-Seq实验可以让你发现新的（可能是罕见的）亚型 细胞。Monocle 3 可帮助您识别它们。
• 构建单细胞轨迹。在开发中， 疾病，在整个生命中，细胞从一种状态过渡到另一种状态。 Monocle 3 可帮助您发现这些过渡。
• 差异表达分析。表征新细胞 类型和状态从与其他更好理解的单元格的比较开始。 Monocle 3 包括一个复杂但易于使用的差速器系统 表达。

二.问题描述：

monocle,monocle3 是生信同学们很常需要的一个包了，但是不少同学们在安装时候遇到了它的报错。本教程详细介绍了安装monocle，和monocle3的完整路径。

首先我们引入一些仓库

sudo add-apt-repository ppa:marutter/c2d4u4.0+
sudo add-apt-repository ppa:marutter/rrutter4.0
sudo apt update

安装系统工具依赖

sudo apt-get install jags
sudo apt-get install gdal-bin libgdal-dev

安装monocle/monocle3

R
remotes::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3")

如果你还遇到了其他的依赖包报错，请继续一一安装即可（例如）：

install.packages("sf")

三.结束：

学习生信的小伙伴们快看过来，看看你们是否有以下问题：

• 环境不会装，身为 Linux 小白是不是从入门就开始抓瞎，甚至直接放弃？ 专业技术帮助
• 数据太大，自己的电脑完全跑不动？ 服务器级别性能支持
• 想买服务器却又发现价格太贵？ 超划算的方案
  快来了解一下我们的共享云服务器吧！20 核心、256G 运行内存、512G 硬盘，特惠仅需 899 元起！
  西柚云超算

点击链接可注册体验 5 小时，更多帮助可加地球号：YFlalalaa 【备注：生信云】