monocle3安装踩坑实录

文章讲述了作者在尝试安装R包monocle3和sf时遇到的版本兼容性和安装错误问题。通过使用conda创建新的R环境并用conda安装monocle3,成功解决了安装问题。在R环境中加载monocle3时,部分包需要重新安装。
摘要由CSDN通过智能技术生成

从网上搜到了各种各样的教程,但对我来说都没什么用,我先后跟着教程试了3.6版本的R,提示monocle3需要R版本4.0以上,4.0.2版本和4.1.2版本安装monocle3到最后还是会有报错,sf包我是死活安装不上。就算是去官网,跟着教程,我最后都没搞明白这个sf包到底要怎么装上。

亲测安装成功的话,只需要用conda创建最新的R即可。然后进入环境,运行

conda install r-monocle3

如果这一步成功,没有报错,就进入R,

library(monocle3)

我这里提示的是一些包需要重装,还挺好解决的。

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安装monocle3,您可以按照以下步骤进行操作: 1. 首先,您需要安装monocle3所需的依赖项。根据您的系统,您可以使用不同的命令来安装这些依赖项。例如,在CentOS 8.5系统上,您可以使用以下命令安装依赖库: ``` yum install gdal* ldconfig yum install udunits2-devel yum install proj yum install sql* yum install geos* ``` 2. 安装monocle3的依赖包。您可以使用BiocManager包来安装这些依赖项。请运行以下命令: ``` install.packages("BiocManager") BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats', 'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment', 'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils')) ``` 3. 安装leidenbase和monocle3包。您可以使用devtools包来安装这些包。请运行以下命令: ``` install.packages("devtools") devtools::install_github('cole-trapnell-lab/leidenbase') devtools::install_github("cole-trapnell-lab/monocle3") ``` 4. 加载monocle3包并检查版本。请运行以下命令: ``` library(monocle3) packageVersion('monocle3') ``` 这样,您就可以成功安装并加载monocle3包了。您可以使用monocle3包中的函数和工具进行单细胞数据分析。 #### 引用[.reference_title] - *1* *3* [使用devtools安装monocle3](https://blog.csdn.net/weixin_45372694/article/details/128314463)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down28v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* [monocle3包的安装](https://blog.csdn.net/qq_27390023/article/details/121717460)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insert_down28v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]
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