成功案例（IF=5.7）| mNGS预测小儿重症肺炎患者抗菌素耐药性

01   研究背景

抗菌素耐药性（AMR）是对儿童健康的一个主要威胁，由于过度或不适当地使用抗生素，与呼吸道感染相关的抗菌素耐药性发病率的增加已成为一个日益关注的临床问题。因此，准确识别病原体和抗菌素耐药性是靶向抗生素治疗的关键。近年来，宏基因组下一代测序技术（mNGS）已被开发出来，用于直接检测临床样本中的微生物核酸，具有同时检测微生物和耐药基因或突变的能力。在血液感染、中枢神经系统感染、呼吸道感染和其他疾病中检测病原微生物方面，mNGS已被证明比传统培养方法具有更高的敏感性。此外，mNGS已被广泛应用于临床检测各种综合征患者的病原微生物。然而，对于在临床环境中通过mNGS检测预测AMR的准确性缺乏理解，这使得mNGS很难为临床抗生素决策提供理论支持。本研究比较了mNGS和表型敏感性试验PST对重症肺炎患儿耐药基因的检测结果，评价了mNGS在预测耐药性方面的准确性。

02   研究思路

图1 研究思路

03   研究结论

本研究的目的是评估mNGS在预测儿童重症肺炎患者AMR中的表现。作者同时对儿童重症肺炎患者的支气管肺泡灌洗液样本进行mNGS和培养。通过将微生物和抗生素耐药基因的mNGS检测结果与培养结果进行比较，计算其敏感性、特异性、阳性预测值和阴性预测值。在71.7%的病例（86/120）中，mNGS检测到细菌的样本数显著高于培养病例（58/120,48.3%）。与培养物相比，mNGS检测病原微生物的敏感性为96.6%，特异性为51.6%。19种抗生素的表型药敏试验（PST）显示，不同细菌间的耐药率存在显著差异。mNGS对碳青霉烯类耐药的敏感性预测高于青霉素类和头孢菌素。对鲍曼不动杆菌碳青霉烯类耐药性的预测也具有较高的敏感性，为94.74%。以上研究结果显示mNGS在不同的病原体和抗生素之间表现出不同的预测性能，表明其具有作为传统PST的补充工具的潜力。

图2  通过mNGS和培养物检测到的微生物