影响因子14.7！转录组和微生物组学纯分析!

最新推荐文章于 2024-10-09 11:27:45 发布

bioyigene

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文章标签：经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/bioyigene/article/details/141886921

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研究背景

炎症性肠病(IBD)为累及回肠、直肠、结肠的一种特发性肠道炎症性疾病。临床表现腹泻、腹痛，甚至可有血便。本病包括溃疡性结肠炎(UC)和克罗恩病(CD)。粘膜水平上宿主-微生物相互作用的破坏是IBD病理生理的关键。本研究对收集的肠道活检组织进行了转录组学(RNA-seq)和微生物(16S-rRNA-seq)分析，旨在全面研究IBD患者粘膜基因表达与微生物群之间的互作关系。作者结合了这两个组学数据，并通过将这些数据与广泛的临床特征相结合，对粘膜宿主-微生物相互作用进行了全面的研究。这种对粘膜宿主-微生物相互作用的全面研究可以拓宽我们对局部炎症反应的理解，并可能指导微生物组定向治疗。

研究思路

本研究对335名IBD患者（CD:181名；UC：154名）和16名非IBD患者，共收集了697份肠道活检，对相同的样本进行了批量RNA-Seq和16S rRNA-Seq。分析粘膜基因表达和肠道微生物差异，两组学联合分析揭示IBD患者宿主基因-微生物的相互作用。

图1 技术路线

研究结论

本研究揭示了大量的基因-微生物关联，涵盖了IBD背景下可能相关的广泛分子机制，包括免疫反应途径，细胞过程和各种代谢途径。如：研究发现相关炎症基因与双歧杆菌相互作用；拟杆菌与白细胞介素信号传导呈负相关，与编码MTs的金属应激反应转录因子呈正相关；参与胶原蛋白和ECM生物合成的关键基因与 Erysipelotrichaceae的丰度之间存在负相关等。该研究证明了IBD中存在特异性粘膜宿主-微生物相互作用，为宿主-微生物相互作用提供了令人信服的见解，可能指导微生物群导向的精准医学，并为微生物群靶向治疗作为改变IBD病程的策略提供了基本原理。