合作文章|基于FFPE样本研究腹水微生物群与HCC继发腹水、PVTT之间的相互作用

文章题目:Ascitic microbiota alteration is associated with portal vein tumor thrombosis occurrence and prognosis in hepatocellular carcinoma

发表期刊:mBio

影响因子:6.4

研究背景

肝细胞癌(HCC)是最常见的恶性肿瘤之一,也是全球医疗保健面临的主要挑战。尽管已经取得了重大进展,但仍有改进的空间,特别是在开发系统治疗方面。恶性腹水是晚期HCC的严重并发症,由腹膜转移引起,一直是HCC治疗的重大临床挑战。已有研究报道,门静脉瘤栓(PVTT)形成经常导致腹水、门静脉高压和肿瘤转移。大约10%-40%的HCC患者检测到PVTT,并且是预后不良的标志,因此寻求治疗PVTT和HCC引起的恶性腹水的新策略是很重要的。随着测序技术的快速发展,16S rRNA可有效表征宿主之间的微生物组特征和组成差异。新出现的证据表明,肠道菌群失调与HCC之间存在密切关联。然而,HCC继发恶性腹水微生物群尚无相关研究。因此,更深入地了解恶性腹水微生物群的变化,可以为治疗恶性腹水提供新的视角。百易汇能在本研究中提供测序分析服务。

研究思路

16S rRNA测序探究微生物群与HCC继发恶性腹水、有无PVTT患者腹水之间的关系。

研究结论

1.HCC和LC组微生物差异

对155份肝癌继发恶性腹水样本和44份LC继发良性腹水样本进行16S rRNA测序,确定FFPE测序样本的腹水微生物群。两组间α-多样性和β-多样性存在显著差异,变形杆菌、梭杆菌在HCC组中高表达。

2.有无PVTT患者腹水微生物的改变

155份肝癌继发恶性腹水样本分成两组:有PVTT(WVT组,n=99)和无PVTT(NVT组,n=56)进行16S rRNA测序分析。WVT的特点是在不动杆菌、窄食单胞菌、芽孢杆菌等丰度增加,而鞘氨醇单胞菌属、甲基杆菌和罗尔斯通氏菌等丰度降低。

综上,这是第一个基于FFPE样本研究HCC继发恶性腹水与LC继发良性腹水微生物组差异的临床研究。微生物组分析显示HCC组和LC组腹水微生物组存在显著差异。对WVT和NVT组的微生物组进行表征,发现了这两组之间微生物多样性的差异。因此,微生物组分析可以帮助预测PVTT的形成,并可能为更好地了解HCC患者的PVTT治疗提供重要的基础

图1 HCC组与LC组微生物组比较 

图2 WVT组和NVT组微生物组特征

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是的,Spring Batch提供了SkipPolicy来处理读取文件时的异常,可以在自定义的SkipPolicy中实现自己的逻辑。对于首行标题是否正确的判断可以在SkipPolicy中实现,具体可以通过以下步骤来实现: 1. 创建一个自定义的SkipPolicy并实现其shouldSkip()方法。 2. 在shouldSkip()方法中判断读取到的行是否为首行标题,如果是则返回false,否则返回true。 3. 在配置文件中将自定义的SkipPolicy注入到Step中,使其生效。 以下是一个简单的示例代码: ```java public class CustomSkipPolicy implements SkipPolicy { public boolean shouldSkip(Throwable t, int skipCount) { if (t instanceof FlatFileParseException) { FlatFileParseException ffpe = (FlatFileParseException) t; if (skipCount == 0 && ffpe.getLineNumber() == 1) { // 判断是否为首行标题 if (ffpe.getInput().startsWith("标题")) { return false; } } } return true; } } ``` 配置文件中的Step配置: ```xml <batch:step id="myStep"> <batch:tasklet> <batch:chunk reader="itemReader" writer="itemWriter" commit-interval="10" skip-limit="100"> <batch:skippable-exception-classes> <batch:include class="org.springframework.batch.item.file.FlatFileParseException"/> </batch:skippable-exception-classes> <batch:skip-policy> <bean class="com.example.CustomSkipPolicy"/> </batch:skip-policy> </batch:chunk> </batch:tasklet> </batch:step> ``` 在这个示例中,如果读取到的行为首行标题,则不会被忽略,否则会被忽略。
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