Plant Stress:应用HaloTag pull-down技术鉴定了与胡杨CPK21互作的重金属胁迫相关蛋白

镉(Cd)污染因其毒性在全球范围内造成了严重的生态问题,重金属对植物造成的伤害除了离子毒害效应,还会影响植物的水分状况,造成植物生理干旱。当前,干旱也已成为全球农林业生产和发展的重大威胁。

胡杨(Populus euphratica)是广泛分布于我国西北干旱、盐碱地区的一种高大乔木,具有很强的抗旱耐盐能力,并且能够吸收和积累重金属,是研究树木抗逆生理和分子机制的重要模式树种。

钙(Ca2+)是植物感知生物和非生物胁迫的典型信号分子,Ca2+信号和cpk对广泛的环境刺激做出反应,并协调信号网络和生理反应(Poovaiah等,2013)。然而,Ca2+信号和cpk是否调节植物对重金属的反应很少被研究。

2023年12月19日,北京林业大学陈少良教授课题组研究成果,发表在Plant Stress期刊上(影响因子5.0),文章题目为Populus euphratica CPK21 interacts with heavy metal stress-associated proteins to mediate Cd tolerance in Arabidopsis。

该研究借助HaloTag pull-down技术富集了PeCPK21相互作用蛋白,Cd处理后相应的表达谱表明,PeCPK21与重金属胁迫相关蛋白(HMAPs)相互作用,介导了转基因拟南芥对Cd的耐受性。

1.Cd处理的胡杨中的PeCPK21表达

PeCPK21的表达在根和叶中不同。叶片中,PeCPK21转录物在CdCl2处理3小时后增加,6小时达到峰值,随后迅速下降,12h后进一步增加。根系中,Cd处理12 h后PeCPK21显著增加,24h达到峰值,而后迅速下降。

2.Cd激活拟南芥PeCPK21启动子表达

胡杨PeCPK21启动子构建PeCPK21pro转到拟南芥中。无CdCl2胁迫,根、子叶和下胚轴中GUS信号浓度较低。CdCl2胁迫,根,子叶和下胚轴中的GUS活性增加。结果表明Cd激活PeCPK21,PeCPK21在胡杨根叶表达增加。

3.PeCPK21转基因拟南芥的Cd耐受性

作者选择8个PeCPK21转基因拟南芥品系,确定其在镉胁迫下的作用。RT-qPCR表明,在转基因系中表达高,OE2中表达最高,OE8最低。之后选OE3、OE7和OE10转基因幼苗进行镉实验。CdCl2处理WT、VC和三个转基因系确定镉耐受性的表型差异,结果表明,在CdCl2胁迫下,PeCPK21正调控转基因拟南芥根长、鲜重和膜稳定性。

4.根系中细胞镉的积累和镉通量

Cd荧光探针检测根部细胞Cd含量。用CdCl2处理后,所有根细胞荧光显着增加,转基因拟南芥荧光强度相对较低,对照组几乎无荧光,这表明PeCPK21抑制Cd在拟南芥根积累。NMT监测拟南芥幼苗根尖中Cd通量,对照组中根顶端区域通量低,幼苗中Cd通量高,而转基因系OE3、OE7和OE10的Cd2+通量显著降低。

5.H2O2积累和抗氧化酶活性

Cd积累促进植物细胞产生ROS。用荧光探针H2DCF-DA测定根部细胞H2O2浓度。CdCl2处理后,所有拟南芥荧光强度均显着增加,转基因系中Cd诱导的H2O2增加降低,对照组DCF荧光非常低。检测CAT、APX、POD和SOD的总活性,确定PeCPK21过表达植株在镉胁迫下不产生ROS。CdCl2胁迫下所有品系的APX、POD和CAT活性增加,OE3、OE7和OE10活性最高。但CdCl2抑制SOD的活性,WT、VC和PeCPK21过表达的品系中没有显著差异。

6.拟南芥中PeCPK21相互作用的蛋白

为探究PeCPK21介导Cd和ROS稳态的功能,用HaloTag pull-down技术富集与PeCPK21相互作用蛋白。该实验过程是使用体外真核蛋白表达系统将PeCPK21表达出来,再与胡杨的总蛋白进行Pull down实验,最后将与PeCPK21结合的蛋白进行质谱鉴定。

与PeCPK21相互作用的HaloTag pull-down富集蛋白列中,分为四组:

(I)阳离子/重金属转运蛋白、膜联蛋白、K+–H+交换样蛋白(KHEP)、钙单向转运蛋白、铜转运蛋白5(COPT5)、寡肽转运蛋白3(OPT3)、植物防御素样蛋白2.2(PDF2.2)、PM相关阳离子结合蛋白(PCAP1)和ABC转运蛋白I家族成员6(ABCI6);

(II)质子泵亚基、V型质子ATP酶亚基a3(VHAa3)、VHA-B1、VHA-C、焦磷酸盐活化膜质子泵2(AVPL1)和V型质子ATP酶蛋白脂质亚基(AVA-P2);

(III)抗氧化酶,类囊体抗坏血酸过氧化物酶(TAPX),超氧化物歧化酶(MSD1),抗坏血酸过氧化物酶1(APX1),APX2,APX3,硫氧还蛋白M4(TRXM4),9-顺式环氧类胡萝卜素双加氧酶(NCED1),谷胱甘肽过氧化物酶(GPX3),硫氧还蛋白样蛋白CDSP32和硫氧还蛋白超家族蛋白(PRXQ);

(IV)膜内源蛋白、质膜内源蛋白1;1(PIP1-1)、PIP2-6、PIP2-7、PIP2A和tonoplast内源蛋白。

7.PeCPK21相互作用蛋白的转录本分析

7.1阳离子/重金属转运蛋白的转录

通过钙渗透通道介导Cd进入的膜联蛋白的转录被CdCl2上调,在PeCPK21-OE3、7、10中低于WT和VC。CdCl2增加拟南芥中钙单向转运体、KHEP、COPT5、OPT3和PDF2.2的表达,但在PeCPK21过表达系中观察到更高的水平。然而,用CdCl2处理所有样品中PCAP1和ABCI6的转录并未显着改变。

7.2质子泵亚基的转录

CdCl2处理增加了所有测试品系中VHA-B1、VHA-C、AVPL1和AVA-P2的表达。与WT和VC相比,VHAB1、VHA-C和AVA-P2的Cd诱导在PeCPK21过表达的品系中更为明显。然而,在所有测试品系中,VHA-a3的转录均未改变。

7.3抗氧化酶的转录

所有测试品系证明CdCl2上调PeCPK21相互作用的几种抗氧化酶的表达。与WT和VC相比,这些抗氧化酶TAPX、APX1、APX2、TRXM4、NCED1、GPX3、CDSP32、PRXQ在PeCPK21-OE3、7、10中表达量高。

7.4膜内源蛋白的转录

CdCl2胁迫后,PIP1-1、PIP2A和PIP2-7的转录水平增加,与WT和VC相比,PeCPK21过表达植物的水平更高。CdCl2处理不影响PIP2-6和TIP1的转录。

小结:

综上所述,Cd通过激活PeCPK21启动子上调胡杨PeCPK21的转录。钙传感器PeCPK21可以提高植物对Cd胁迫的耐受能力,表现为过表达PeCPK21的拟南芥的根和全株生长减少较少。HaloTag pull-down富集蛋白和相应的表达谱表明,PeCPK21通过与多种重金属胁迫相关蛋白相互作用,限制Cd积累,增加ROS清除,改善转基因拟南芥的水分状况,从而提高Cd耐受性。

原文链接:Redirecting

HaloTag Pull down技术简介

体外蛋白表达与Pull down技术相结合,表达出目的蛋白和标签蛋白(Halo,GST,His等)的融合蛋白,不受抗体和物种限制,仅借助标签的亲和介质将目标蛋白纯化出来,使用Pull down技术,将目标蛋白与互作的蛋白“下拉”,进而利用Western Blot或者质谱鉴定互作蛋白。蛋白Pull down实验还可以同时表达两个蛋白,进行点对点的互作验证,也可以仅表达蛋白质的结合区域,确定两个蛋白结合的结构域。

本公司能够提供Halo,GST或FLAG等多种标签的Pull down技术服务。

Halo/FLAG-tag pull down是使用基于真核的体外表达系统来表达目的蛋白,目的蛋白携带Halo/FLAG标签;GST-tag pull down是使用基于原核的体外蛋白表达系统,或者大肠杆菌诱导表达目的蛋白,目的蛋白携带GST或His标签。

Halo/FLAG-tag pull down技术优势:

真核表达系统,蛋白更接近体内结构

没有细胞内干扰因素的限制,表达成功率高

蛋白表达载体构建成功后,不需要转化和鉴定,可直接表达目的蛋白,节省时间

步骤

内容

交付内容

周期

载体构建

  • 客户提供目的蛋白对应的CDS的序列或质粒
  • 克隆至合适的表达载体
  • 质粒测序
  • 质粒制备

测序结果

1-2

无细胞表达+纯化

  • 用小麦芽胚蛋白表达体系进行蛋白表达
  • 蛋白表达评估 (Western Blot)

表达评估结果

1

Pull Down

  • 细胞裂解
  • 目的蛋白和总蛋白孵育
  • 洗脱与目的蛋白结合的蛋白

银染结果

1

质谱检测

  • 将洗脱的蛋白进行质谱鉴定

质谱结果

2-3

生信分析

  • 对质谱鉴定到的基因进行GO和KEGG的富集分析

生信分析结果

1

蓝景科信联系方式:

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基于PyTorch的Embedding和LSTM的自动写诗实验LSTM (Long Short-Term Memory) 是一种特殊的循环神经网络(RNN)架构,用于处理具有长期依赖关系的序列数据。传统的RNN在处理长序列时往往会遇到梯度消失或梯度爆炸的问题,导致无法有效地捕捉长期依赖。LSTM通过引入门控机制(Gating Mechanism)和记忆单元(Memory Cell)来克服这些问题。 以下是LSTM的基本结构和主要组件: 记忆单元(Memory Cell):记忆单元是LSTM的核心,用于存储长期信息。它像一个传送带一样,在整个链上运行,只有一些小的线性交互。信息很容易地在其上保持不变。 输入门(Input Gate):输入门决定了哪些新的信息会被加入到记忆单元中。它由当前时刻的输入和上一时刻的隐藏状态共同决定。 遗忘门(Forget Gate):遗忘门决定了哪些信息会从记忆单元中被丢弃或遗忘。它也由当前时刻的输入和上一时刻的隐藏状态共同决定。 输出门(Output Gate):输出门决定了哪些信息会从记忆单元中输出到当前时刻的隐藏状态中。同样地,它也由当前时刻的输入和上一时刻的隐藏状态共同决定。 LSTM的计算过程可以大致描述为: 通过遗忘门决定从记忆单元中丢弃哪些信息。 通过输入门决定哪些新的信息会被加入到记忆单元中。 更新记忆单元的状态。 通过输出门决定哪些信息会从记忆单元中输出到当前时刻的隐藏状态中。 由于LSTM能够有效地处理长期依赖关系,它在许多序列建模任务中都取得了很好的效果,如语音识别、文本生成、机器翻译、时序预测等。

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