互作转录组常用数据库介绍

互作转录组可研究两个物种或多个物种的相互作用机制，也就是说利用该研究方法，我们不仅可以得到宿主防御病原菌机制，也可以研究病原菌如何侵染宿主。关于病原菌如何导致宿主患病和宿主如何防御病原菌入侵，一直以来就是生物学研究的重要内容，因此在很长的研究历程中，就有了各种宿主病原体相关的数据库，本次就为大家介绍一下研究中可能会用到的数据库。

1.TOP1（强烈推荐） PHI-base1、PHI-base

http://www.phi-base.org/

该数据库收录的主要是被实验证实具有毒力和效应基因的细菌、卵菌、真菌，宿主则包括了动物、植物和真菌。同时数据库还囊括了与FRAC合作得到的一些抗真菌化合物数据。该数据库的特点是每个条目都有明显的实验证明，同时为了方便数据与其他数据库互通检索还囊括了Uniprot,GO,EC等相关编号。
该数据库检索也存在两种方法，一种是序列比对，通过进入界面中的”BLAST”进入，然后输入相关的序列进行比对检索。

另一种是通过search搜索框检索，这里软件主要通过以下四种关键词检索：

（1）GENENAME基因名：例如NIP2、TalC等

（2）HOSTSPECIES宿主：例如HUMAN、RICE等

（3）PATHOGENSPECIES病原菌