知识分享 | 转录组个性化分析(4)——蛋白互作分析

最新推荐文章于 2024-05-21 11:43:14 发布

bioyigene

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文章标签：经验分享

本文链接：https://blog.csdn.net/bioyigene/article/details/129254193

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文章介绍了如何使用STRING数据库进行蛋白质-蛋白质相互作用分析，通过R语言的clusterProfiler、STRINGdb、igraph和ggraph库构建并可视化PPI网络，强调了这一方法在理解生物系统和疾病研究中的价值。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）是指两个或两个以上的蛋白质分子通过非共价键形成蛋白质复合体（protein complex）的过程。在进行数据挖掘的时候往往会得到很多的差异表达的基因，当你对着一堆基因毫无头绪时，此时PPI数据库对你的数据挖掘起了很大的助攻作用。

接下来，跟着小编一起来学习下PPI分析吧！文中附详细代码，小伙伴们可以使用自己项目数据，一步步复现下结果！

1 PPI分析的意义

系统分析大量蛋白在生物系统中的相互作用关系，对了解生物系统中蛋白质的工作原理，了解疾病等特殊生理状态下生物信号和能量物质代谢的反应机制，以及了解蛋白之间的功能联系都有重要意义。在生物医药领域有助于从系统的角度研究疾病分子机制、发现新药靶点等等。

接下来，小编具体讲解下基于STRING数据库，提取目标基因集的互作关系，构建蛋白互作关系，同时利用igraph和ggraph对互作网络进行可视化。对于数据库中未收录信息的物种，可以使用BLAST软件，将目的基因与数据库中的蛋白质进行序列比对，寻找同源蛋白，根据同源蛋白的互作关系对构建互作网络。构建完成的蛋白质互作网络大家也可尝试导入Cytoscape软件进行可视化。

2 创建STRINGdb对象

library(tidyverse)
library(clusterProfiler) 
library(org.Hs.eg.db)  小鼠的话，把Hs改成Mm
library(STRINGdb)
library(igraph)
library(ggraph)
# 创建STRINGdb对象
string_db <- STRINGdb$new( version=

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