文献精读-EST-氟乙酸脱卤催化降解氟羧酸的分子动力学模拟

Comprehensive Understanding of Fluoroacetate Dehalogenase-Catalyzed Degradation of Fluorocarboxylic Acids: A QM/MMApproach

0. Abstract

• 研究背景：
  • 氟类化合物是持久、生物累计和有毒化合物
  • 发展有效的生物降解策略是很有必要的，主要挑战在于C-F键断裂
  • FAcD是目前报道的唯一一个可以催化强C-F键断裂的无金属催化酶
• 研究内容：
  • 通过QM/MM方法系统研究FAcD的催化作用机制
• 主要结论：
  • 催化转化过程主要包括四个基础步骤：（1）C-F键激活（2）亲核攻击（3）C-O键断裂（4）质子转移
  • 亲核攻击是决速步骤，但对于二氟乙酸脂和三氟乙酸，C-F断裂是决速步骤
  • 最初被认为是α-氟羧酸降解酶的FAcD可以催化二氟乙酸脱氟为乙醛酸，并通过高分辨率质谱实验验证
  • 采用氨基酸静电分析方法筛选潜在的突变热点，以调整FAcD的静电环境，有利于底物转化

1. Introduction

• 研究创新点
  • MD与QM/MM模拟：
    • 使用MD和QM/MM方法绘制FAcD降解二氟乙酸脂，三氟乙酸，和自然基质的氟乙酸机理
    • 四步机制提出（1）C-F键断裂（2）亲核攻击（3）C-O键断裂（4）质子转移
    • 限速步骤的发现
  • 实验证实：
    • 产生乙醛酸

2. M&M

2.1 MD模拟

• 初始结构构建：X-ray晶体结构
• 能量最小化：在50ps中从0加热到298.15K，在500ps达到热力学平衡
• 模拟：NVT系综，298.15K，15ns的随机边界

2.2 QM/MM计算

QM区域：DFT
MM区域：CHARMM27力场

2.3 酶表达和纯化

2.4 酶活性表达

3. R&D

3.1 FAcD对氟乙酸的催化机理

• Figure 1: 整体催化过程
  • （1）C-F键断裂
  • （2）水分子亲核攻击
  • （3）C-O键断裂
  • （4）H质子转移
• Figure 2a: 每一步反映的能垒分布（不同蛋白质构象，不同氟乙酸）
  • C-F反应能垒分析-蛋白质构象分析
  • 水分子亲核攻击能垒分析
  • （3）（4）能量分析
  • 不同氟乙酸降解的限速步骤分别是；玻尔兹曼平均值证明哪种蛋白质构象最稳定
• 水解过程对氟乙酸降解非常重要，不知道是否也适用于更大分子的氟化物

3.2 氟取代改变了限速步骤

• Figure 2d:
  • 三种构象，探索不同数量的F取代物的亲核攻击能垒变化
  • 二氟乙酸脂，氨基酸和底物相对位置的不同，脱氟后形成两种手性共价酯中间体，R-对映异构体和S-对映异构体
  • 实际转化率只有13%，说明降解二氟乙酸脂到三氟乙酸的限速步骤可能发生了改变

3.3 催化路径和结构性细节

• **Figure 3:**催化过程中氟乙酸和多氟乙酸模型关键几何参数变化及比较
  • 步骤1：C-F键断裂过程中，C-F键长逐渐增加，很明显的显示出C-F键变化
  • 步骤2：水分子激活（H-O键增加），C1-O2键形成
  • 步骤3：C-O距离增加，与此同时H1转移到O1
  • 步骤4：O2-H2键增加而H2-N键减少说明了质子转移

3.4 BDE分析（键离解能）

不同物质的C-F解离能分析：因为C-F的激活可以显著提高全氟化合物催化降解的限速步骤

3.5 扭曲/干扰分析

C-F活化的反应性可以通过扭曲/干扰模型进行分析，通过计算相互作用能（Eint）和畸变能（Edis）,证明随F含量增加，C-F键更不容易激活；

3.6 氨基酸静电作用影响

• 之前的研究表明柔性和构象可以在催化作用中被忽略，但是静电作用是催化作用的关键
• 基于FAcD催化二氟乙酸和三氟乙酸盐限速步骤，计算了活性区周围7个残基的静电作用