如何使用bioconductor安装R工具包

如何安装R工具表bioconductor

很多时候，当我们做一些生物信息学方面的项目时，需要用到一些R包，如"org.Hs.eg.db"，“clusterProfiler”，'enrichplot’等，它们都是Bioconductor网站之下的R包。下面是我最近在学习中总结的一些方法，供大家参考和探讨，生信新人入坑，欢迎交流~

方法1

直接在控制台输入命令

options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")  #设置镜像站
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")  #安装管理工具包BiocManager
BiocManager::install()  #查看是否安装成功

之后便可以使用命令自动安装其他需要的包了，这种方法的好处就是，当碰到需要下载安装其他支持包时，会自动下载安装，比较省事。

BiocManager::install("org.Hs.eg.db")  #生物注释数据库
BiocManager::install("clusterProfiler") #KEGG分析支持包

接下来我们就可以使用这些加载好的包了。

方法2

手动安装。有时候网络条件不好或是其他网络问题，我们无法使用方法1正确安装，那还有一个方法就是直接从官方网站下载包，手动导入R的package库中，再用library（）命令加载一下。当然这也是比较麻烦的，因为一个包可能需要其他若干个包支持，也需要自己下载安装

1. 从官方网站下载所需安装包 ，网址https://bioconductor.org/；进入home页面后在右上角搜索栏输入需要的包后点击搜索，如clusterProfiler。
2. 打开所需的安装包进行下载，记住你的下载路径；
3. 在R语言控制台安装该R包；（可能会提示需要预先安装好它的支持包，那你就按照提示，一一搜索安装即可）
4. 使用library（）命令加载该R包；

library("clusterProfiler")

这样就安装好了。