生信(二)反向互补序列

本文介绍了如何在生物信息学中获取基因序列的反向互补序列,包括使用Shell的tr和rev命令,Python的字典映射方法,以及C语言的数组映射技巧。通过这些方法,可以高效地处理基因序列,尤其是C语言版本,速度最快且能处理简并碱基。

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关键词:reverse; complement; sequence;

**如何得到一段基因序列的反向互补序列?**这是基因测序领域经常遇到的问题。其实答案很简单,许多现成的软件都有这个功能。但是作为一个生信人,当然可以自己实现一个了。

首先想到的也是最基础的方法就是利用**多个if…else…**的语句进行判断选择。这种方法太笨拙,写出来的代码很不好看。今天我们分享几种好一点的方法。

Shell版本:tr命令和rev命令

在这里插入图片描述

Python版本:基于字典
代码如下:
在这里插入图片描述
这种方法简短优美,一目了然。与使用多个str.replace()函数相比其效率较高,因为上面的代码只需遍历原始字符串一次就够了,而多个str.replace()函数需要遍历字符串多次。

此外,上面的代码中字符串反向用到了一个Pythonic的写法:s[::-1]。更多Pythonic的句法可参考拙作《

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