SAMtools 是一个生物信息方面常用的工具合集。
下载地址:SAMtools 下载
安装过程:
1.先下载安装包,然后解压,刚下载下来是samtools-1.7.tar.bz2 (当前是1.7版本),需要解压。
终端输入命令:
bzip2 -d samtools-1.7.tar.bz2 #将bz2压缩解压
tar -xf samtools-1.7.tar #将tar压缩解压
2.然后安装
终端输入命令:
cd samtools-1.7/ #进入文件目录下
./configure --prefix=/mnt/d/biotools/ #进行编译,后面/mnt/d/biotools/是自己的安装位置,依据个人需要更改
make #进行make
make install #安装完成
3.加入路径
export PATH=/mnt/d/biotools/bin:$PATH
4.安装完成
5.一些安装时出现的问题
安装时最容易出现的问题就是依赖库未安装,导致安装出错
5.1进行编译时出现error:建立HTSlib需要libbzip2文件,需要安装
直接用apt-get安装
sudo apt-get install libbz2-dev
5.2进行编译时出现error:需要liblzma文件
sudo apt-get install liblzma-dev
然后就可以正常进行configure,make,make install了。