如何根据SRA accession number 从NCBI下载数据

最新推荐文章于 2024-08-16 20:45:57 发布
最新推荐文章于 2024-08-16 20:45:57 发布
阅读量8.8k 收藏 6
点赞数
分类专栏： 生信软件专区 文章标签： NCBI SRA
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/cuicanlianyue/article/details/79197359
版权
这篇博客介绍了如何通过NCBI网站，使用accession number（SRX510749）下载通城猪测序数据的FASTQ/FASTA格式文件。在搜索并进入相应页面后，经过一系列步骤，包括在Download选项中选择数据格式，最终可以成功下载所需数据。
摘要由CSDN通过智能技术生成

根据 accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig）

1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749
）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive selection in Large White and Tongcheng pigs. Anim Genet. 45(3):329–339 ）。


我直接点击Download data 时出现下载不了的状况，不知道是不是网络原因。


2.因此返回点击进入tongchen

最低0.47元/天 解锁文章
cuicanlianyue
关注
专栏目录
SRA数据下载方法总结
weixin_44065382的博客
09-21 8434
SRA数据常用的下载方法 研究生了，对以往的知识进行一个复习和总结吧。 SRA数据库存储了现在主要高通量测序平台的原始测序数据和和比对信息，包括了SRA、EBI、DDBJ、JGI等数据库的信息。（这里分享一个小的知识点，现在可以不只依赖NCBI进行查找和下载，国家基因组科学数据中心（NGDC）官网 已经进行了整合）。对于NGDC数据库的使用在这里就暂时不细说了，看后面有没有必要吧，使用方法更加贴合中国人的习惯的。 言归正传，现在SRA数据的下载主要有以下5个方法： 1、NCBI官方提供的SRA Toolki
NCBI上基因前面有个accession（编号）分别有NC是什么意思
热门推荐
SN的博客
03-21 2万+
http://www.360doc.com/content/15/0508/10/25341642_468924604.shtml
NCBI中SRA数据库简介
wangprince2017
11-15 7849
NCBI中SRA数据库简介 SRA数据库简介 SRA 数据库， 为Sequence Read Archive 的缩写。主要存储高通量测序的数据，来自四个测序平台，分别为： Roche_LS454，Illumina，ABI_SOLID和HELICOS。 SRA 数据库的组织架构 首先是项目编号，通常以PRJ开头，会记录该项目的一些背景信息，包括，研究的目的及意义，项目启动日期，作者单位信息等等，项目下面可以包含以下子内容： (1)研究内容(study)。在 SRA 数据库中， 研究课题的检索号...
NCBI批量下载序列
最新发布
hgz2020的博客
08-16 184
NCBI
下载sra原始数据（包含储存在sra-sos的数据）
weixin_43745169的博客
06-22 1万+
对于一个做生信分析的学生，从NCBI上下载原始的测序文件是一项基本技能。 sra文件可以理解为是fastq的压缩文件。sra文件可以通过SRA Toolkit软件包下载。但是实际上，我尝试了无数次，aspera也装了，但都不能下载。 但是sra toolkit的软件包还是要装的，因为之后需要用其中的fastq-dump把sra转换成fastq文件。 获取想要的data的SRR号 发表的文章后面都是......
从 NCBI SRA 数据库下载文件——获取想要的数据
鬼话
03-20 5383
事情是这样的，最近啊，在研究拟南芥叶片的数据，需要下载一批数据，之前整理过Sra-ToolKit的安装使用，这次干脆整理一下我知道的NCBI数据搜索和下载的方式😑全称：Sequence Read Archive，是一个公开可访问的存储和共享高通量测序数据的中心资源库。它由美国国家生物技术信息中心（NCBI）维护，该中心是美国国家医学图书馆（NLM）的一部分。
从美国国家生物技术信息中心（NCBI）根据存取号（Accession Number）批量下载核酸序列
weixin_45339016的博客
07-05 243
的文本文件中读取存取号，此文件中每一行包含一个存取号。然后，将所有存取号连接成一个以逗号分隔的字符串，以供Entrez API使用。NCBI的Entrez系统要求用户提供电子邮件地址，以便在使用API过程中出现问题时进行联系。函数读取以FASTA格式返回的文本流，并将其解析为SeqRecord对象的迭代器。函数，脚本根据存取号从NCBI数据库中检索核酸序列。确保数据以文本流的形式返回，便于后续处理。的新文件中，同样指定输出格式为FASTA。指定返回数据的格式为FASTA格式，而。使用BioPython的。
（二）外显子组数据分析之原始数据sra数据下载
aganlala的博客
06-16 1098
##数据准备 数据来源文献：Reliability of Whole-Exome Sequencing for Assessing Intratumor Genetic Heterogeneity ##根据文章内容查找原文数据在哪里？The accession number for the raw data from WES and AmpliSeq sequences reported in this paper is SRA: SRP070662. ##于是打开NCBI ...
SRA数据下载
Dargon2的博客
05-21 745
SRA 数据下载 1.链接 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/ 2.输入文章中accession no. SRA编号，选择每一页100 个list，然后点击 Send results to Run selector 3.选择所需要下载的样品对应的SRR编号 4.点击 data access，可以通过aws 或 wget直接下载 wget https://sra-downloadb.be-md.ncbi.nlm.nih.gov/sos1/sra-pub-run-5/SRR
利用NCBI接口下载核酸数据
weixin_46150334的博客
08-04 939
利用NCBI接口下载核酸数据
SRA数据库的各种编号
宁生信
06-03 7609
S R A 数据库， 最初的命名为Short Read Archive，现已改为SequenceRead Archive。 SRA 数据库的组织架构 1，meta 数据是指与测序实验及其实验样品相关的数据， 如实验目的、 实验设计、 测序平台、 样本数据(物种， 菌株，个体表型等)，在SRA数据库中，meta数据分如下层次来存储： (1)研究课题(study)。 在 SRA 数据库中
Accession number & GI & GeneID
张文倩(数据库学生)
10-10 1765
生信项目之NCBI下载数据集详解
weixin_44540733的博客
03-10 4598
NCBI（National Center for Biotechnology Information）的中文名称是美国生物信息技术中心，该网站是美国医学图书馆（NLM）的一部分。该网站提供了下载数据集、上传数据集、在线分析数据集以及提供了部分生物信息学工具如（BLAST：一款序列比对工具）等功能。本文主要介绍如何在NCBI上下载数据集。这三种方法是目前比较常用的下载数据集的方法，当然还用其他很多下载数据集的方法，具体的下载数据集的方法要按照该生信项目的需求进行下载。
如何在NCBI实现大批量数据的一一对应
浩瀚的海洋
09-17 3738
有时我们手头会有一批数据，或者是只有大量的某些id。比方说：accession number、gi、geneid、symbol、go、unigene、pubmed、taxid等等。事实大部分数据库都会有提供一些专门的文件或工具来实现这些数据间大批量的一一对应。 先来讲讲NCBI的。 用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov（windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具
下载NCBI的SRA数据 详细教程
qq_28723681的博客
04-05 6158
SRA（Sequence ReadArchive）数据库是NCBI(National Center for Biotechnology Information)旗下用于存储高通量测序数据的子库。来自世界各地研究的测序数据在此处都可以免费下载，本文就聊聊如何下载SRA数据库对应的测序数据。 1. SRA基本框架 下载数据之前，咱们可以先聊聊SRA数据库的一些基础知识。 SRA数据库的组织框架是基于 STUDY, SAMPLE, EXPERIMENT, RUN 四个概念构建的。 STUDY ：研究课题/研究项
用python批量下载modis数据的速度怎么样_MODIS数据下载与处理-pymodis的使用（持续更新...）...
weixin_39939510的博客
12-10 613
MODIS数据下载与处理-pymodis的使用(持续更新...)MODIS数据如何下载？下载量小的话，可以从NASA官网 根据产品、时间、位置进行筛选自己要的，之后下载。当下载量比较大时…肯定是编程来的快了…之前一直在想怎么编程，后来接触python后，得知pymodis工具…一个函数搞定。后续拼接处理也有相应的函数，可以调用MRT(官网上好像已经下架，替代产品还未了解)软件和GDAL库关于pym...
NCBI genebank refseq 编号意义
清风的博客
10-18 5733
最近在做virus detection 用到NCBI genebank的病毒库，发现gene bank refseq里面编号很多，贴在下面，有助记忆。 genebank的病毒参考序列库，最近一次更新去掉了GI号，只保留NC或AC号，可以看出全部是完整基因组序列。 另外， 该序列库是非冗余库(non-redundant)，总共只有9556个序列，其中NC 9533个，AC 23个， 可以用g...
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值