如何根据SRA accession number 从NCBI下载数据

最新推荐文章于 2024-05-02 09:05:22 发布
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分类专栏： 生信软件专区 文章标签： NCBI SRA
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根据 accession number从NCBI下载FASTQ/FASTA格式的测序数据（pig）

1. 打开NCBI（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/），输入accession number搜索，我查阅一些文献是关于通城猪的（SRX510749
）（Li X, et al. 2014. Genome-wide scans to detect positive selection in Large White and Tongcheng pigs. Anim Genet. 45(3):329–339 ）。


我直接点击Download data 时出现下载不了的状况，不知道是不是网络原因。


2.因此返回点击进入tongchen

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cuicanlianyue
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Accession number & GI & GeneID
张文倩(数据库学生)
10-10 1709
SRA数据下载方法总结
weixin_44065382的博客
09-21 7497
SRA数据常用的下载方法 研究生了，对以往的知识进行一个复习和总结吧。 SRA数据库存储了现在主要高通量测序平台的原始测序数据和和比对信息，包括了SRA、EBI、DDBJ、JGI等数据库的信息。（这里分享一个小的知识点，现在可以不只依赖NCBI进行查找和下载，国家基因组科学数据中心（NGDC）官网 已经进行了整合）。对于NGDC数据库的使用在这里就暂时不细说了，看后面有没有必要吧，使用方法更加贴合中国人的习惯的。 言归正传，现在SRA数据的下载主要有以下5个方法： 1、NCBI官方提供的SRA Toolki
NCBI下载sra数据（新）
weixin_34266504的博客
08-14 662
  今天要上NCBI下载sra数据发现没有下载的链接，网上查发现都是老的方法，NCBI页面已经变更，于是看了NCBI的help，并且记录下来新版的sra数据下载方法，要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨询师兄，总结得到新的wget下载的方法。 方法1 NCBI告知的方法（中断不能继续下载） 下载SRA Tookit https://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Tra...
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宁生信
06-03 7511
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浩瀚的海洋
09-17 3661
有时我们手头会有一批数据，或者是只有大量的某些id。比方说：accession number、gi、geneid、symbol、go、unigene、pubmed、taxid等等。事实大部分数据库都会有提供一些专门的文件或工具来实现这些数据间大批量的一一对应。 先来讲讲NCBI的。 用FTP登陆ftp.ncbi.nih.gov（windows下可以直接打开或是用迅雷/Flastget等下载工具
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05-02
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10-24
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ncbi下载转录组数据
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要下载NCBI上的转录组数据，你需要按照以下步骤进行操作： 1. 首先，你需要注册或登录NCBI账号。如果你已经有账号，直接登录即可。如果没有账号，你需要进行注册。你可以在NCBI网页（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）上找到注册入口并按照指示完成注册过程。\[2\] 2. 登录后，点击上传模块，开始申请编号操作。进入Biosample页面，你可以将原始数据上传到NCBI上。\[2\]\[3\] 3. 上传完成后，点击提交按钮。提交成功后，你需要等待1-2天的时间，NCBI会发送一封邮件告知你数据上传成功。\[3\] 4. 在数据上传成功后，你可以使用SRA号来搜索并下载你想要的转录组数据。你可以在NCBI的网站上使用SRA号进行搜索，并按照指示下载数据。\[1\] 请注意，以上步骤仅适用于在NCBI上已经上传了转录组数据的情况。如果你想要下载其他研究者已经上传的数据，你可以在NCBI的数据库中搜索相关项目，并按照指示下载数据。 希望这些步骤对你有帮助！如果还有其他问题，请随时向我提问。 #### 引用[.reference_title] - *1* [从NCBI批量下载数据](https://blog.csdn.net/qq_50637636/article/details/129501879)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] - *2* *3* [NCBI|转录组原始数据上传](https://blog.csdn.net/weifanbio/article/details/120951371)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^koosearch_v1,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item] [ .reference_list ]

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