bsub 的用法和意义

bsub -R “rusage [mem=1028]” -Is -XF
执行脚本的方法
bsub <run
打开一个xterm交互界面来使用bsub
命令如下
bsub -Is -XF xterm

几条有用的命令
bqueues
查询所有queue的状态

4. 常用命令之bhosts
显示各节点作业相关情况
bhosts hostname

5. 常用命令之bjobs

查看提交作业运行情况;
bjobs –r 显示正在运行的作业
bjobs –a 显示正在运行的和最近完成的作业
bjobs -p 显示等待运行的作业和等待原因
bjobs –s 显示正在挂起的作业和挂起的原因
bjobs -l 显示该作业的所有信息
6. bkill
删除不需要的作业

bkill jobid 终止指定的作业;
bkill –r jobid

6.1 批量bkill任务
例：bkill所有PSUSP状态的任务
6.1.1 单个用户:（bkill -u username 0，删除该用户下所有提交的并行任务）
bjobs -u username | grep PSUSP|awk ‘{print $1}’ |xargs bkill
6.1.2 所有用户：bjobs -u all -p -q normal | grep PSUSP|awk ‘{print $1}’ |xargs bkill（-p参数，可有可无，不影响命令执行结果）
PS：常用LSF命令（更详细命令使用可参考LSF的PDF手册）

7. bpeek -f 作业号

查看任务日志，显示处于运行时作业的标准输出和标准错误输出信息；

8. bhist

显示最近完成作业或正在运行作业的历史情况

bhist jobid

查看作业历史;

9. lsload
   显示节点当前负载；

10. 运行脚本文件
    bsub < run_sim.bsub

-q 选择队列

-i 指定输入文件

-I 交互模式，此时终端不能输入

-o 指定输出文件，作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中。

-e 指定输出文件，作业提交后标准错误输出的信息会保存到这个文件中。

-n 指定作业需要的CPU核

-J 作业的名字

-w ‘dependecy_expression’ , 提交作业前，指定操作。

操作有： done

ended， 如 –e “ended(aaaa*)” ， 表示作业名中有aaaa的作业，完成之后才可以提交作业

exit

-W 限定作业运行时间

-K 提交作业，并且等待作业完成。当提交作业后，终端打印“waiting for dispath”。当作业完成后，终端打印“job is finished”。作业没有完成，不能提交新的作业。
下面说说我的使用方法

bsub -R “rusage [mem=40960]” -Is -XF
-R "rusage [mem=40960]"表示使用多大内存

4.0版本可以在 V N C、E T X等远程工具中通过"xhost +"，“bsub -Is” 启动图形化工具，6.0版本添加了 bsub -XF 图形化交互式功能，丰富了需要使用图形化交互式的场景。
如果不用图形化交互的话，那么就不要用-Is -XF了。
参考网页
https://www.eet-china.com/mp/a223224.html
-q 选择作业提交的队列queue-i 指定输入文件 -I 交互模式，此时终端不能输入-J 指定作业名称-n 指定作业需要的CPU核心数，LSF中一般称之为slot-R span[hosts=1] 指定作业只能在单个节点运行，不能跨节点（跨节点作业需要MPI支持，生物中比较少），-R 可以使得作业在需要满足某种条件的节点上运行-o 作业标准输出，%J为作业ID，即此处的作业输出文件为 jobid.out-e 作业错误输出，%J为作业ID，即此处的作业输出文件为 jobid.err-M 内存控制参数，作业占用的内存超过其指定值时，作业会被系统杀掉。如 -M 20GB -R “rusage[mem=20GB]” 申请20GB的内存，且其内存使用量不能超过20G；-m 指定作业运行节点；-W hh:mm 设置作业运行时间；-w 作业依赖，方便写流程，如-w “done(JobA)”，作业名为JobA的作业完成之后，该作业才开始运行；-K 提交作业并等待作业结束，在写流程时会用得上，可以见后面的例子-P 指定project name，如果我们需要统计某个项目消耗的计算资源，如CPU时等，可以将相关的作业都指定为同一个project name，然后根据project name统计资源消耗；-r rerun选项，即作业失败后自动重新运行，提交大量作业时此选项比较有用；
example:/tools/xxx/xxx/bsub -q normal -P AnIP -K -C 0上面-q 后面跟queue的名字；-P后面跟project名字；