bsub -Is -R “span[hosts=1] rusage[mem=500000]详解

最新推荐文章于 2024-03-08 09:07:52 发布
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分类专栏： linux 文章标签： java 服务器 jvm
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本文介绍了使用-Is标志实现交互式任务模式，允许用户与任务进行实时交互，特别是对于编译等需要严格条件的任务。同时，-R参数用于设定资源限制，如span[hosts=1]确保至少一个CPU资源，rusage[mem=500000]限制内存使用不超过500MB。此外，还提到了bhist和bjobs命令，用于查看任务的历史信息和详细状态。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1."-Is": 用于将任务设置为交互式模式，允许用户在提交任务之后在shell中与任务交互，通常用于条件比较苛刻的交互式任务，例如编译器。

2. "-R "span[hosts=1] rusage[mem=500000]"": 用于指定资源的限制和要求，以便作业能够成功运行。 "span[hosts=1]" 表示要求运行任务的主机至少有一个可用的CPU资源。 "rusage[mem=500000]"表示要求任务最多使用 500000KB 或 500MB 的内存。

扩展：

关于bhist命令：bhist -la -n 0查看历史信息

bjobs -l jobid：可以查看job具体信息

【芯片设计 - 常用工具 bsub 命令介绍】
CodingCos的博客
04-05 9927
LSF（Load Sharing Facility）是IBM旗下的一款分布式集群管理系统软件，负责计算资源的管理和批处理作业的调度。它给用户提供统一的集群资源访问接口，让用户透明地访问整个集群资源。同时提供了丰富的功能和可定制的策略。LSF 具有良好的可伸缩性和高可用性，支持几乎所有的主流操作系统。它通常是高性能计算环境中不可或缺的基础软件。作用上与PBS一样，使用方法略有不同。LSF用来调度、监视、分析联网计算机的负载。
verdi查看代码结构指令
leopardnova的博客
08-26 450
bsub -Is -R 'rusage [mem=10G]' -q queue_name verdi -f file_list.vc -ssy -ssv -top top_name &
LSF-bsub命令
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其中x代表了提交作业需要的CPU数，-q指定作业提交到的队列，如果不采用-q选项，系统把作业提交到默认作业队列。任务需要10G内存，inputfile代表程序需要读入的文件名，outputfile代表一个文件，作业提交后标准输出信息将会保存到这个文件。目的通过集中监控和调用，充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源。可以查看作业的运行情况，bjobs|wc统计总的job数。分布资源管理的工具，用来调度、监视、分析联网计算机的负载。命令可以终止某个运行中或排队中的作业，...
LSF提交作业命令--bsub
青春易逝，愿不负昭华，期待梦与远方
07-29 3202
LSF(load sharing facility)：分布资源管理的工具，用来调度、监视、分析联网计算机的负载。 目的：通过集中监控和调用，充分共享计算机的CPU、内存、磁盘、license等资源。
bsub 的用法和意义
m0_47095451的博客
07-11 4684
1。
LSF---【bsub命令】
Lucky
01-12 1万+
LSF--[bsub命令]一、bsub命令1.1 命令参数二、常用查看命令1.bhosts2.bqueues3.bjobs4.bkill4.bhist 一、bsub命令 bsub [options] command [argument] 1.1 命令参数 -q 选择队列 -i 指定输入文件 -o 指定输出文件,作业提交后标准输出的信息会保存到这个文件中 -e 指定输出文件,作业提交后标准错误输出的信息保存到这个文件夹中. -n 指定作业需要的CPU 核 -J 作业的名字 -m 丢job到指定的机器上 -I
Linux 下bsub命令
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简单同学
06-28 6万+
一、bsub bsub，提交给lsf作业的命令。 命令格式bsub[options]command[argument] bsub-packjob_submission_file -q选择队列 -i指定输入文件 -I交互模式，此时终端不能输入 -o指定输出文件，作业提交后标准输出的信...
#BSUB -J Mummer #BSUB -n 1 #BSUB -R span[hosts=1] #BSUB -o Mummer.%J.out #BSUB -e Mummer.%J.err acc=/public/home/yding24/pangenome/PanRice for i in `cut -f1 ${acc}/144.accs.txt` ; do sh mummer-core-block-152.sh ${i} & done wait
最新发布
03-30
#BSUB -R span[hosts=1] # 限制在单节点运行 #BSUB -o Mummer.%J.out # 指定标准输出文件 #BSUB -e Mummer.%J.err # 指定错误输出文件 acc=/public/home/yding24/pangenome/PanRice for i in `cut -f1 ${acc}/144....
``` #!/bin/sh #BSUB -J MUMmer_Batch[1-145] # 作业名称，使用数组作业[1-145] #BSUB -n 10 # 请求20个CPU核心（供nucmer使用） #BSUB -R "span[hosts=1]" # 限制任务在单个节点运行 #BSUB -o MUMmer.%J.%I.out # 输出日志（%J=作业ID，%I=数组索引） #BSUB -e MUMmer.%J.%I.err # 错误日志 #BSUB -q normal # 提交到normal队列 module load MUMmer/4.0.0beta2 # 定义路径和参考基因组 input="/public/home/yding24/pangenome/PanRice" ref="${input}/MH63RS3.fasta" # 参考基因组路径（修正文件名） query_dir="${input}" # 查询基因组目录 output_dir="${input}/genomeFilter" # 输出目录 # 创建输出目录 mkdir -p "${output_dir}" # 读取查询基因组标识列表（假设144.accs.txt包含145行） query_ids=( $(cut -f1 "${input}/144.accs.txt") ) index=$LSB_JOBINDEX # 数组作业索引（1-145） i="${query_ids[$index-1]}" # 获取当前任务的基因组标识 # 执行比对流程 echo "Processing genome: $i (Index: $index)" # Step 1: nucmer比对 bsub -K -J "nuc_${i}" -n 20 -R "span[hosts=1]" \ -o "${output_dir}/nuc.${i}.out" -e "${output_dir}/nuc.${i}.err" \ "nucmer -l 50 -c 100 -g 30 -t 20 \ -p ${output_dir}/MH63_RP_${i} \ ${ref} ${query_dir}/${i}.fasta" # Step 2: delta-filter（依赖nucmer完成） bsub -K -J "delta_${i}" -n 1 -w "done(nuc_${i})" \ -o "${output_dir}/delta.${i}.out" -e "${output_dir}/delta.${i}.err" \ "delta-filter -g -r -q -i 90 -l 50 \ ${output_dir}/MH63_RP_${i}.delta > ${output_dir}/MH63_RP_${i}.filtered.delta" # Step 3: show-coords（依赖delta-filter完成） bsub -K -J "coords_${i}" -n 1 -w "done(delta_${i})" \ -o "${output_dir}/coords.${i}.out" -e "${output_dir}/coords.${i}.err" \ "show-coords -T ${output_dir}/MH63_RP_${i}.filtered.delta > ${output_dir}/MH63_RP_${i}.filtered.coords"```帮我分析一下这些代码，并帮我改正一下他们错在哪里
03-30
#BSUB -R "span[hosts=1]" #BSUB -o MUMmer.%J.%I.out #BSUB -e MUMmer.%J.%I.err #BSUB -q normal module load MUMmer/4.0.0beta2 input="/public/home/yding24/pangenome/PanRice" ref="${input}/MH63RS3.fasta" ...
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关于bsub命令
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参考http://www.lujun.org.cn/?p=460 Version:1.0 StartHTML:000000193 EndHTML:000034192 StartFragment:000006088 EndFragment:000034124 StartSelection:000006088 EndSelection:000034120 SourceURL:http://www.l...
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12-27 1万+
在一个服务器集群中，有很多的人要使用，却只有很少的GPU。LSF作业调度系统则是对每个用户提交的作业和需要使用的GPU进行调度。一般使用bsub命令来将待运行的作业提交到集群上。用bsub < run.sh提交了作业，一般是作业已经可以成功跑起来，提交了作业后直接等作业运行结束就行。但更多时候我们的代码可能会出现报错，需要进行调试。一般情况下，我们会用pychram/ vscode等软件对代码打断点，进行调试。但使用的是本地的CPU资源，而不是服务器上的GPU。
Linux csh中用bsub启动Python程序
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1、lsf是分布式资源管理调度工具。安装了lsf的计算机组，可以统计调度，提高资源利用率。 2、bsub是调用lsf的命令。 3、命令格式：bsub[options]command[argument] 4、常用参数。 -I 交互模式，输入输出交互显示在提交job的terminal上 -Ip 提交job的时候提供虚拟terminal的支持，如vim这种应用是需要terminal支持的 -q 选择队列 ...
【R】大型机Linux系统安装R及bsub提交R任务
a12141986的博客
01-08 1253
linux系统的大型机上安装R 需要在大型机上编译安装R，大型机上操作系统是CentOS 5.4。 实际上，参考文献2已经非常详细地列出了如何在linux操作系统上安装R。之所要要写这篇博文，是因为我们现在面临这样一个问题：如果大型机不能从网络直接下载R，而且大型机上的R久久不得更新，同时大型机的管理员不愿意更新R？ 安装具体步骤： 1 在CRAN上下载最新R版本的源代...
数字后端工程师的常用lsf/bsub命令
icc2innovus的博客
03-08 1639
8. 把某个pending的job，放到所有排队的job 最前面，使得该job 最先抓到机器。3. 跑个calibre drc 给提交的任务取一个名字，使用-J 这个选项。12. 让job 在非交互模式跑，但是一直占用终端知道任务结束 -K。4. 等待某个job完成再执行新的job , 使用 -W 这个选项。比如 bsu -Is pt_shell ---》jobid是111。5. 提交任务,并按负载情况排序，优先抓取负载低的机器。6. 查看自己跑的所有job summary。15. 恢复被暂定的job。
bsub后台服务器_中国科学技术大学超级计算中心
weixin_42467768的博客
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原先胖节点服务器的操作系统已经全部升级到CentOSrelease 6.2Linuxx86_64，并整合到sugon服务器上统一调度管理，8个节点的配置略有不同，如下所示：节点名服务器型号CPU内存(GB)node81~node83浪潮TS85048核IntelXeonE7540处理器，主频2.0GHz128node84~node85浪潮TS85064核IntelXeonE8837处...
linux bsub提交作业
weixin_62592231的博客
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linux系统编写程序时无可避免要把源文件编译成可执行文件，在进行运行得出结果。但在登录超级计算机等端口（linux系统），若执行文件较大可能会被软件后台查杀，无法执行得到结果。使用bsub提交作业方法可良好解决在登录端运行程序，避免程序运行中用较大较多资源时被kill。使用bsub作业提交的方法能很好的解决这个问题。...
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