DESeq2的配置好难

最新推荐文章于 2024-07-02 13:57:53 发布

dieshuli2209

最新推荐文章于 2024-07-02 13:57:53 发布

阅读量409

点赞数

文章标签： r语言

原文链接：http://www.cnblogs.com/ytu-CL/p/4914774.html

版权

今天配置了一天，感觉R语言的开源包对64位的支持不好，有的包只能在32位适用。另外，install.packages命令对很多包无效，必须要用Bioconductor资源配置才行，而Bioc资源链接不稳定，时而可以，时而不行。总算配置好了，进入数据分析阶段。

转载于:https://www.cnblogs.com/ytu-CL/p/4914774.html

确定要放弃本次机会？

福利倒计时

: :

立减 ¥

普通VIP年卡可用

立即使用

dieshuli2209

关注关注

0
点赞
踩
0

收藏

觉得还不错? 一键收藏
0
评论
复制链接

分享到 QQ

分享到新浪微博

扫一扫

求助DESeq2安装问题

2301_76497647的博客

02-13

1441

求助DESeq2安装问题

DEseq2差异表达分析

weixin_42931980的博客

06-09

2912

公司返回的结果，想自己跑一边试试，对照结果是不是一样，顺便检查自己的流程。用的是Hisat2-featurecount-Deseq2流程双端测序PE数据建索引建索引：hisat2-build [options]* # ：fasta文件 list，如果为list，使用逗号分开 # ：索引文件的前缀名，如设为xxx，则生成的索引文件为xxx.1.ht2,xxx.2.ht2，默认的前缀名为NAME #opti...

参与评论您还未登录，请先登录后发表或查看评论

DEseq2和edgeR的安装问题记录

qq_28723681的博客

05-03

7481

这里写自定义目录标题欢迎使用Markdown编辑器新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图导出与导入导出导入欢迎使用Markdown编辑器你好！这是你第一次使用 Markdown编辑器所展示的欢迎页。如果你想学习如何使用Mar

R语言安装DESeq2包

weixin_53170155的博客

09-09

9609

简单的说——DESeq2将对原始reads进行建模，使用标准化因子(scale factor)来解释库深度的差异。然后，DESeq2估计基因的离散度，并缩小这些估计值以生成更准确的离散度估计，从而对reads count进行建模。此函数的目的是汇总来自技术重复的读取计数，以创建一个对象，其中包含每个样本的单个读取计数列。它利用经验贝叶斯技术对数折矗变化和离散的先验，并计算这些量的冠验估计。分析ＲＮＡ序列数据的主要任务是探测基因差异，而应用EDSeq中可以利用二项分布和收缩的分布方程估计.

R语言 DESeq2 基因差异分析简单备注版火山图

09-15

5817

RT #加载数据 linba代表淋巴 lnc <- read.csv("K0.csv") #保证ID的唯一性，删除重复 table(duplicated(lnc$id)) index<-duplicated(lnc$id) us_count<-lnc[!index,] #反向筛选 #转化成矩阵，rowname转化成第一列 A<-us_count rownames(A)<-A[,1] A<-A[,-1] #Count with fewer than 10 reads

R语言——基于DESeq2做基因表达差异分析

codyliu_bo的博客

10-28

4882

本记录主要是使用DESeq2 包进行差异包表达分析。R 语言是4.2.0版本，对应的BiocManager是3.15版本。我们采用的是BiocManager安装DESeq2包。检查数据Counts文件与coldata数据是否匹配。注意部分依赖包是由R4.2.1建造，可能会有问题。过滤在所有重复样本中小于1的基因。

deseq2手册

04-21

DESeq2 手册总结 DESeq2 是一个流行的生物信息学工具包，用于分析高 throughput sequencing（HTS）数据， especialmente RNA-seq 数据。它提供了 differential analysis 的方法来检测差异表达基因。 DESeq2 的主要...

diffexpr:通过rpy2将DESeq2和DEXSeq移植到python中

05-05

依赖关系是pandas （python）， rpy2 （python）和DESeq2 （R）最好的构建依赖关系的方法应该是通过conda。 conda config --add channels defaults conda config --add channels bioconda conda config --add ...

DESeq2-On-Python-Jupyter-Notebook:使用Python 3的强大功能实现RBioconductor DESeq2

03-22

4. 配置文件或脚本：可能包含用于设置DESeq2参数、导入数据、处理结果的辅助脚本。 5. 文档或README：提供关于如何使用此资源的指南和说明。通过这样的Python实现，DESeq2的功能得以拓展，使得更多熟悉Python的...

DESeq2示例文件的原始数据.csv

09-15

DESeq2示例文件的原始数据.csv

百日筑基篇——差异基因分析DESeq2包（R语言初识六）

2301_78630677的博客

07-14

2446

今天，整理一下如何使用R语言进行基因差异分析。主要会讲述有关的几个扩展包以及可视化，希望以这种方式巩固所学。基因差异分析的学习，今天就到这里，理解这背后的统计学原理是十分必要的，同时要一开始就确定想要通过基因差异分析，分析出什么，目标明确。醉里挑灯看剑，梦回吹角连营。 -2023-7-8 筑基篇。

R语言seqm_R语言DESeq找差异基因

weixin_42113794的博客

12-23

1649

一：安装并加装该R包安装就用source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("DESeq")即可，如果安装失败，就需要自己下载源码包，然后安装R模块。二．所需要数据它的说明书指定了我们一个数据source("http://bioconductor.org/biocLite.R");biocLite("pasilla")安装了pasil...

基因表达差异分析R工具包DESeq2的详细使用方法和使用案例

2401_83620690的博客

04-14

2336

最近很多小伙伴找我要Linux学习资料，于是我翻箱倒柜，整理了一些优质资源，涵盖视频、电子书、PPT等共享给大家！

DESeq2 设置多线程并行计算，可大大提高运行效率

qq_36608036的博客

09-18

1040

#运行时间明显缩短了，尤其在样本数据多时非常明显。

代码：DESeq2包做转录组RNAseq差异分析

weixin_53711955的博客

09-01

558

3.counts列表里的read counts需要为整数。因此在excel种用ROUND函数四舍五入取整。1.报错：Error: unexpected ')' in " )"2.数据选择read counts，注意不是FPKM。1.第一列选取gene_id，不然会有重复项。跟括号没关系，其实是代码忘加逗号。制作group.vsc。4.第一列不能有表头。遇到跑不通的多跑几次。

差异分析(R包——DESEQ2&EDGER)