Featurecounts 表达定量得到下游分析的原始数据

最新推荐文章于 2024-03-23 21:10:46 发布

yuxiang&chenxi

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文章标签：数据库

本文链接：https://blog.csdn.net/doctor_yuxiang/article/details/127166867

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输入：featureCounts 需要两个输入文件

1.比对产生的BAM/ SAM文件

2.区间注释文件（GTF格式，SAF格式）

cd $.../Expression/featureCounts

## 定义输入输出文件夹
gtf=/home/t_rna/database/GRCh38.104/Homo_sapiens.GRCh38.104.chr.gtf.gz
inputdir=$.../Mapping/Hisat2/

# featureCounts对bam文件进行计数
featureCounts -T 6 -p -t exon -g gene_id -a $gtf -o all.id.txt $inputdir/*.sorted.bam

# 对定量结果质控
multiqc all.id.txt.summary

# 得到表达矩阵
# 处理表头，/home/t_rna/要换成自己的路径
less -S all.id.txt |grep -v '#' |cut -f 1,7- |sed 's#/home/t_rna/project/Human-16-Asthma-Trans/Mapping/Hisat2//##g' |sed 's#.Hisat_aln.sorted.bam##g' >raw_counts.txt

sed ///
sed ###


# 列对齐显示
head raw_counts.txt  |column -t