记录一下关于SRA数据的拆分

最近下了很多sra数据，但是在拆分上耗费了大量时间。简单总结一下：

1.拆分数据之前先看一下SRR Run的页面确定这个数据的类型，单细胞还是bulk，单端还是双端，是不是标准的10x，一共有几条序列等等。

2.数据可以使用kingfisher get下载。可以下载sra或者fastq。但有的时候直接下载fastq数据他拆分的不对，就要重新下载，很耽误事。踩了几次坑之后改成了下载sra自己拆分。

3.拆分工具可以选择fastq-dump或者fasterq-dump。fastq-dump可以添加--gzip拆分成gz格式但速度慢，fasterq-dump可以使用-e参数进行多线程拆分，速度更快。总结一下之前踩坑的经验，如果是不需要I5序列的10x测序数据，一般kingfisher直接拆分没啥问题，或者是用--split-3拆分。（但split-3有时候也会出现拆的不对的问题，具体原因不清楚）如果需要index，用--split-files拆分，且尽量用fastq-dump，比较稳定。fasterq-dump不知道为什么用过几次拆出来的数据很奇怪。

*可以用zcat查看自己的文件，看一下拆出来的数据看起来是否靠谱

更新：SRA可以看序列大小，ls -lh一下之后比较看是否拆错了