宏基因组 kraken2 + bracken 使用方法，& --memory-mapping 如何瞬间加载内存中的文件

最新推荐文章于 2024-05-07 23:56:07 发布

毒鸡蛋

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宏基因组 kraken2 + bracken 使用方法，& 内存映射

kraken2的基本使用方法，

# kraken用于分类
cat ${TOOLDIR}/configure/kraken2.cfg | xargs \
kraken2 \
    --threads ${thread} \
    --db $krakendb \
    --classified-out  $outdir/kraken/${sample}.classified.fq \
    --unclassified-out  $outdir/kraken/${sample}.unclassified.fq \
    --repo

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宏基因组 kraken2 + bracken 使用方法，& --memory-mapping 如何瞬间加载内存中的文件

如何预加载内存文件，例：kraken2 --loading memorkraken2的基本使用方法，瞬间加载内存中的文件参考kraken2的基本使用方法，# kraken用于分类cat ${TOOLDIR}/configure/kraken2.cfg | xargs \kraken2 \ --threads ${thread} \ --db $krakendb \ --classified-out $outdir/kraken/${sample}.classified.f
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