宏基因组 kraken2 + bracken 使用方法，& --memory-mapping 如何瞬间加载内存中的文件

最新推荐文章于 2025-09-10 19:21:18 发布

原创

最新推荐文章于 2025-09-10 19:21:18 发布 · 2k 阅读

2 ·

CC 4.0 BY-SA版权

本文介绍了如何利用kraken2和bracken进行宏基因组分析，并着重讲解了如何通过将索引保存到内存以实现分析速度的显著提升。通过将索引移动到/dev/shm并重新链接，可以在运行kraken2时加入--memory-mapping选项，从而快速加载索引提高效率。

宏基因组 kraken2 + bracken 使用方法，& 内存映射

kraken2的基本使用方法，

# kraken用于分类
cat ${TOOLDIR}/configure/kraken2.cfg | xargs \
kraken2 \
    --threads ${thread} \
    --db $krakendb \
    --classified-out  $outdir/kraken/${sample}.classified.fq \
    --unclassified-out  $outdir/kraken/${sample}.unclassified.fq \
    --report