nnunet(九) setting up paths

https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet/blob/master/documentation/setting_up_paths.md

Setting up Paths

nnU-Net依赖环境变量来知道原始数据raw data、预处理数据preprocessed data和训练过的模型权重trained model weights存储在何处。

1. nnUNet_raw_data_base：这就是nnU-Net查找原始数据raw data并存储经过裁剪cropped data的数据的地方。nnUNet_raw_data_base肯定有一个子文件夹nnUNet_raw_data，并且nnUNet_raw_data中为每一个task都创建一个子文件夹。并且数据转换方法请参照。相应的子文件夹格式如下：

   nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task002_Heart
   ├── dataset.json
   ├── imagesTr
   │   ├── la_003_0000.nii.gz
   │   ├── la_004_0000.nii.gz
   │   ├── ...
   ├── imagesTs
   │   ├── la_001_0000.nii.gz
   │   ├── la_002_0000.nii.gz
   │   ├── ...
   └── labelsTr
       ├── la_003.nii.gz
       ├── la_004.nii.gz
       ├── ...
   nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task005_Prostate/
   ├── dataset.json
   ├── imagesTr
   │   ├── prostate_00_0000.nii.gz
   │   ├── prostate_00_0001.nii.gz
   │   ├── ...
   ├── imagesTs
   │   ├── prostate_03_0000.nii.gz
   │   ├── prostate_03_0001.nii.gz
   │   ├── ...
   └── labelsTr
       ├── prostate_00.nii.gz
       ├── prostate_01.nii.gz
       ├── ...

2. nnUNet_preprocessed：存放预处理数据，训练期间主要从这里读取预处理数据，最好放在访问延迟低且吞吐量高的驱动器上（sata或nvme SSD）。
3. RESULTS_FOLDER:model weights保存的地方，如果预训练模型联网下载了，这里也会保存下来。

How to set environment variables

安装包方式的nnunet仅支持Ubuntu/Linux。

在位于主目录中的.bashrc文件中设置路径。一般而言 /home/fabian/.bashrc，fabian是作者电脑的名字。一般用文本编辑器就能修改，如果没看到，可能默认隐藏了。ls -al /home/fabian就能查看隐藏文件，如果该文件还是看不到，那就手动创建touch /home/fabian/.bashrc

文本编辑器打开了.bashrc后，在底部添加以下路径：

export nnUNet_raw_data_base="/media/fabian/nnUNet_raw"
export nnUNet_preprocessed="/media/fabian/nnUNet_preprocessed"
export RESULTS_FOLDER="/media/fabian/nnUNet_trained_models"

路径可以随意指定，但是预处理数据最好放在ssd上。保存并退出，运行source /home/fabian/.bashrc以确保重新载入了.bashrc。一般而言如果实在修改之前打开的终端，就需要重新载入.bashrc。之后打开的终端就会默认使用设置的路径。使用echo $RESULTS_FOLDER命令输出正确的文件夹已检测设置路径是否正确。

An alternative way of setting these paths

上面的方法设置的是系统的环境变量，除非删除.bashrc，否则路径一直存在，如果只是希望临时修改路径，可以在终端中执行export命令

export nnUNet_raw_data_base="/media/fabian/nnUNet_raw"
export nnUNet_preprocessed="/media/fabian/nnUNet_preprocessed"
export RESULTS_FOLDER="/media/fabian/nnUNet_trained_models"

临时设置的路径仅在该终端中有效，关闭后就失效了。