如何下载Homo_sapiens.GRCh38.100.gtf.gz和Homo_sapiens.GRCh37.87.gtf.gz参考基因组注释文件

已于 2022-08-26 21:30:31 修改
阅读量4.2k 收藏 8
点赞数 4
分类专栏： 数据分析 生物信息数据库 文章标签： 生物信息
于 2022-08-26 21:28:15 首次发布
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/watermel__/article/details/126550381
版权

1.先去ENSEMBL官网：http://asia.ensembl.org/index.html，点击红框框
在这里插入图片描述
2.继续点击红框框
在这里插入图片描述
3.没有我们想要的版本了
在这里插入图片描述
4.改变网址:
http://ftp.ensembl.org/pub/release-100/gtf/homo_sapiens/
在这里插入图片描述
5.跳转到想要的版本地址，成功

在这里插入图片描述
6.去下载GRCh37版本，回到首页点击红框框

最低0.47元/天 解锁文章
基因组文件及gtf文件的下载及从GTF中提取注释信息
qq_47054630的博客
01-09 5504
对于大多数的细菌来说做，查找未知基因的功能都是一个问题，我在做细菌的转录组分析时就碰到了这个问题，得到差异基因之后无法系统的进行下一步分析，GO数据库只提供很少的物种选择，kegg虽然提供了不少这种信息，但是对于大多数的菌群来说还是不够，所以对于部分数据来说直接从NCBI或者Ensemble数据库中给的gtf注释文件中提取基因的注释信息也是一种方法。
诺禾致源学习笔记
super_qun的博客
03-03 2536
linux命令 linux的权限 权限： 权限 意义 分数权制 w 写 4 r 读 2 x 执行 1 eg： 7=4+2+1 #代表w+r+x权限 帮助文件：man（详细讲解）和–help（使用语法简介） 目录操作： ls -r #反序排列 ...
Spring Security http basic 示例代码
ICode联盟
12-28 1154
去下载
单细胞分析（17）—— RNA Velocity有关文件准备
最新发布
阅读文献，记录学习笔记
02-24 1040
GTF（Gene Transfer Format）文件是用于基因组注释的标准格式，主要包含基因、转录本、外显子和其他功能元件的信息。它们用于单细胞 RNA 测序（scRNA-seq）分析，如。
GATK使用说明-GRCh38（Genome Reference Consortium）（二）
weixin_33696106的博客
12-19 1899
Reference Genome Components 1. GRCh38 is special because it has alternate contigs that represent population haplotypes. Don’t know alternate contig from alternate dimension? Spend five minutes now t...
基因组注释文件(GFF,GTF)下载的五种方法
热门推荐
Baimoc
04-17 7万+
文章目录NCBIEnsemblUCSCGeneCode NCBI Ncbi 里包含现在最全的参考基因组数据，可以进入FTP站点查看：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 这里的文件夹名为物种的拉丁名，这里以 Human(Homo_sapiens) 为例，下载方法如下： wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sa...
获取gtf文件gene symbol ENSID gene_biotype
sayhello1025的博客
12-10 6769
首先下载gtf文件，这里我们引用的是Ensembl的文件enensembl gtf文件下载 这里面我们下载完文件后我们如何查看这个文件信息呢，首先我们用UEStudio 打开后我们看一下文件的数据结构 可以看到里面的我们想要的有gene_ID 和基因的名字 以及这个基因的biotype，我们明确想要提取的对象后导入我们的R中进行提取。 library(refGenome) ens <-...
一文读懂参考基因组和基因组注释+最全下载方法
Baimoc
06-02 6万+
文章目录一、什么是参考基因组和基因组注释？二、参考基因组版本命名1、常用人参考基因组对应表2、常用小鼠参考基因组对应表三、下载1、NCBI2、Ensemble3、GENCODE4、UCSC5、iGenomes四、其他参考基因组信息 一、什么是参考基因组和基因组注释？ 先来理一理参考基因组，基因组注释文件，测试数据间的关系。 自从 1990 启动的家喻户晓的人类基因组计划开始，全世界的科学家竭尽全力破译了第一个完整的人类基因组，从那时开始人类拿到了一本只有 ATCG 四个碱基书写的天书。后续人们逐步完善了基因
常用或特别的人类fasta参考基因组下载链接
qq_53947118的博客
01-18 6242
Fasta格式是一种基于文本用于表示核酸序列或多肽序列的格式，一般情况下可在大型的国际基因组网站的ftp链接下载到，文件后缀名多为".fasta"、".fa"、".fna"，有的为压缩格式。比NCBI36/hg18更早的版本因为过旧，所以不显示。 一、NCBI36 / hg18 1. Ensembl release 54（别名：Homo_sapiens.NCBI36.54.dna.toplevel ） 该参考的染色体编号开头不含“chr”。 https://ftp.ensembl.org/pub/r
GRCh38基因组和注释文件探究
weixin_30713953的博客
03-28 1906
ensembl/release91: cat Homo_sapiens.GRCh38.91.gtf | grep -v "#" | cut -f9 | cut -f1,3,6,8 -d\; | grep gene_biotype | sed -e 's/\"//g' | sed -e 's/\;//g' | cut -f2,6,8 -d" " | sort | uniq > GRCh3...
求问SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37 包下载问题
2301_78541185的博客
11-07 1489
试开URL’https://bioconductor.org/packages/3.18/data/annotation/src/contrib/SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37_0.99.24.tar.gz'下载程序包‘SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37’时出了问题。安装源码包‘SNPlocs.Hsapiens.dbSNP155.GRCh37’我在RStudio下载该包时出现以下问题代码。
构建index所需的参考基因组以及各种版本的注释文件
菠萝西斯的博客
05-10 2万+
文章目录一、参考基因组1. UCSC2.读入数据二、使用步骤总结 一、参考基因组 Mapping or Alignment，是测序分析中重要的步骤。笼统的说，这一步骤就是把reads贴到参考基因组或转录组构建的index上的过程。那么，构建index，必不可少的就是fasta格式的参考基因组与参考转录组。 UCSC，ensemble，NCBI，genecode是下载参考基因组的来源网站。 （以hg38为例） 1. UCSC UCSC 网址：http://genome.ucsc.edu/ 主页中的do.
小鼠参考基因组id转换gtf文件chb注释官网下载相应的基因中注释文件gse155802 getmatrixgenecode 参考基因组下载序列比对 hg19 索引文件mapping referece
生信小博士的博客
11-09 1268
我想要研究的基因组我怎么知道是这个的呢 ，因为这篇文献里面提到。
转录组分析数据准备
yssxswl的博客
04-22 3410
转录组分析数据准备 在这之前，我们要明白，进行转录组分析，我们需要那些文件 测序数据 样本信息表 基因组序列(genome.fasta) 基因注释文件(genes.gtf) 蛋白序列（proteins.fasta） 其中，测序数据可以自己去公司测序，或在公开的资源网站进行下载。 样本信息表，是自己根据测序数据进行编辑。至于基因组序列，基因注释文件和蛋白序列文件，则需要自己在网上下载，今天我们就介...
人类基因组参考基因组
Keep Learning
01-08 6704
人类基因组参考基因组： GRCh38下载地址： ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/technical/reference/GRCh38_reference_genome/ 使用以上数据的有： https://github.com/chapmanb/cloudbiolinux/blob/master/ggd-recipe
tcga数据下载_TCGA数据下载与ID转换
weixin_39783633的博客
11-19 1849
今天继续我们的TCGA数据分析系列。TCGA数据下载TCGA数据下载的方式有很多，本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据.该平台内置了一些公共数据集，比如来自TCGA, ICGC等大型癌症研究项目的数据，不仅可以对数据进行分析，而且还提供了对应文件的下载功能。打开后界面是这样的点击DATA SETS，里面有很多数据集，我们选择TCGA肝癌数据接着我们选择HTSeq-Count这里可以看...
r语言合并多个csv文件_TCGA数据下载与ID转换教程（基于R语言）
weixin_39633493的博客
10-21 2220
TCGA数据下载的方式有很多，你可以使用官方的gdc-client工具，也可以使用生信人工具盒[1]，本次我们利用UCSC Xena数据库下载数据[2]，该平台内置了一些公共数据集，比如来自TCGA，ICGC等大型癌症研究项目的数据，不仅可以对数据进行分析，而且还提供了对应文件的下载功能。UCSC Xena数据库界面点击上方的DATA SETS里面有很多数据集，此处我们已GDC TCGA Live...
下载基因组注释gtf文件和下载参考基因组序列
高锦的博客
10-20 2万+
下载基因组注释gtf文件和下载参考基因组序列 对NCBI： wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/GFF/ref_GRCh38.p7_top_level.gff3.gz           ## hg38 wget ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/Homo_sapiens/ARC
已知一个gtf文件：Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf，将它转为bed文件，只需前六列，并打印出前三列。使用python
09-09
要将GTF（Gene Transfer Format）文件转换为BED（Browser Extensible Data）文件并仅保留前六列，特别是前三列（基因ID、起点和终点），你可以使用Python的`pandas`库来处理这种格式的数据转换。首先，确保已经安装了`pandas`和`biopython`（用于解析GTF）。如果还没有安装，可以使用以下命令安装： ```bash pip install pandas biopython ``` 然后，可以编写一个脚本来读取GTF文件，提取所需信息，创建一个新的DataFrame，并保存为BED格式。这里是一个简单的示例： ```python import pandas as pd from Bio import SeqIO # 假设GTF文件路径为gtf_file_path # 下载GTF文件时，需替换为实际URL gtf_url = "http://example.com/path/to/Homo_sapiens.GRCh37.75.gtf.gz" # 替换为实际URL gtf_file_path = "temp.gtf.gz" # 使用生物信息学库下载GTF文件 !wget -O $gtf_file_path $gtf_url # 解压GTF文件（假设为gzip压缩） !gunzip $gtf_file_path # 定义将GTF转换为 BED 的函数 def gtf_to_bed(gtf_path): records = [] with open(gtf_path, "r") as f: for line in f: if not line.startswith("#"): data = line.strip().split("\t") if data[2] == "exon": # 只考虑exon部分 gene_id = data[8].split(";")[0].split('"')[1] start = int(data[3]) end = int(data[4]) records.append([gene_id, start, end]) df = pd.DataFrame(records, columns=["gene_id", "start", "end"]) return df # 转换并保存为BED格式 bed_df = gtf_to_bed("temp.gtf") bed_df = bed_df[['gene_id', 'start', 'end']] # 取前六列，前三列为['gene_id', 'start', 'end'] bed_df.to_csv("output.bed", sep="\t", header=False, index=False) # 删除临时文件 !rm temp.gtf temp.gtf.gz ``` 运行这段代码后，你会得到名为`output.bed`的文件，其中只包含前六列（基因ID、起点和终点）。
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值