AutoDock与Vina的区别 如何选择AutoDOCK与Vina对接 AutoDock对接系列 run autogrid出现[Error 2]从而得不到.map文件 AutoDock安装闪退

AutoDock与Vina的区别以及选择 AutoDock安装需要什么 Vina安装后是什么样子

下面通过以下几个方面来讲解

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前言

关于很多的人分不清AutoDock这个对接工具以及Vina对接工具的区别以及他们安装以后的样子等等，导致大家在安装的时候频频犯难！

下面就给大家详细的讲解以下他们二者的区别

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疑惑：他们二者有什么关联呢

一、AutoDock安装需要什么，那些东西组成了AutoDock对接系列

首先AutoDock分子对接系列，安装是需要安装这些：
其次官网也有AutoDock-GPU加速版，普通人安装正常版本即可

1. mgltools——也就是AutoDock TOOLS。
2. autodocksuite-4.2.6——也就是AutoDock4、AutoGrid4。
3. Python——mgltools1.5.6需要Python2.5。
4. Python——mgltools1.5.7需要Python2.7。
   当这四个安装完毕然后环境配置好，对接文件夹配置好，那么就可以开始愉快的分子对接了。
   官网下载页面所示：
   

二、Vina安装需要什么？

Vina也称为AutoDock Vina 目前官网提供版本最新微Vina1.1.2
在某Hub上面可以找到可用的AutoDock Vina1.2.5的版本。

1. autodock_vina_1_1_2_win32.msi——也就是AutoDock Vina。

官网下载页面所示：

三、AutoDOCK安装后的样子与Vina安装后的样子比较

AutoDOCK展示：

这里如果和图中不一致，都属于环境没有配置好或者安装了多余的Python环境相冲突，有的电脑能用，有的电脑会闪退报错等等（华为电脑比较严重）


加载蛋白并3D模型展示后：

AutoDOCK Vina安装展示

注意：AutoDOCK Vina 安装后安装包是这样的，双击它是打不开这个软件的，需要配置环境。

四、AutoDOCK 和 AutoDOCK的区别

它们分别都可以单独进行对接,也可以配合使用。

本质区别：

对接结果的区别

AutoDOCK：

AutoDOCK Vina：

提示：按照正常情况，默认都是一次性对接一个大分子蛋白和一个配体小化合物，如需一次性一个蛋白对接多个配体，例如100个配体，那么推荐使用Vina批量对接，后续也会推出一个这样的批量对接的程序，可关注收藏，敬请期待。

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五、如何选择：

通常情况下，都是AutoDOCK或者AutoDOCK Vina进行分子对接，Pymol来对对接的结果进行可视化。

所以安装AutoDOCK，首选AutoDOCK4、AutoGrid4、mgltools1.5.6会比AutoDOCK4、AutoGrid4、mgltools1.5.7搭配要更稳定。
实测过，一些电脑上mgltools1.5.7的版本会奔溃以及批量打开窗口或者是点击延时非常高的异常情况发生，可用但是不稳定。

安装Vina：首选官网的Vina1.1.2，熟悉了以后再换1.2.5的版本。

安装Pymol：首选Pymol2.6开源的版本，不要用Minconda安装的那种版本，容易造成AutoDOCK闪退。

Pymol可视化后可以得到这样的图：


如有需要可联系快速出图！！！

六、与我联系——解决AutoDock对接报错以及闪退，提供对接教学服务。

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