AlphaFold3 安装与使用教程

AlphaFold3 安装与使用教程

AlphaFold3Implementation of Alpha Fold 3 from the paper: "Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold3" in PyTorch项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/al/AlphaFold3

1. 项目目录结构及介绍

在下载并解压 AlphaFold3 的源代码之后，你会看到以下典型的目录结构：

AlphaFold3/
├── src/            # 主要的源代码目录
│   ├── alphafold.py     # AlphaFold3 程序入口
│   └── ...              # 其他相关模块
├── data/           # 预训练模型和其他数据文件
│   ├── models/         # 模型权重文件
│   └── ...              # 其他辅助数据
├── config/         # 配置文件目录
│   └── alphafold.conf   # 默认配置文件
└── README.md       # 项目说明文件
└── requirements.txt  # Python依赖项列表

src/ 目录包含了项目的主程序和相关模块，data/ 存放模型和其他数据资源，config/ 存储配置文件，而 README.md 和 requirements.txt 分别提供了项目简介和所需软件包。

2. 项目的启动文件介绍

项目的主要执行入口位于 src/alphafold.py 文件中。你可以通过运行以下命令来启动 AlphaFold3：

python src/alphafold.py --config_path=config/alphafold.conf

这个命令将会使用默认的配置文件 config/alphafold.conf 来运行 AlphaFold3。你可以根据需要修改参数或提供自定义配置文件路径。

3. 项目的配置文件介绍

config/alphafold.conf 是 AlphaFold3 的配置文件，它包含了程序运行时的各种设置，例如：

[general]
data_dir = ./data
model_name = model_1
output_dir = ./results
use_gpu = True

[features]
add_signal_peptide = False
add_transmembrane_regions = False

[distanceConstraints]
max_template_sequence_identity = 90
template_database_path = ${data_dir}/pdb_mmcif_uniprot_seqres_90_2021-11-05.tar.gz

[prediction]
num_models = 1
ensemble_model = False

• [general] 部分设置了基本的工作目录、模型名称、输出目录和是否使用GPU。
• [features] 区域控制特征提取，如是否添加信号肽和跨膜区域信息。
• [distanceConstraints] 部分用于设置模板序列匹配的阈值和数据库路径。
• [prediction] 部分规定了模型数量、是否采用模型集合以及预测相关设定。

你可以根据实际需求调整这些参数以优化 AlphaFold3 的性能和结果。

以上即为 AlphaFold3 的安装和使用基础指南。请注意，在实际操作前，确保你的系统已经安装了所有必需的Python库（参照 requirements.txt）并且满足硬件要求，特别是对于GPU的使用。在运行过程中，如果有任何错误或疑问，建议查看项目文档或在GitHub上查找解决方案。

AlphaFold3Implementation of Alpha Fold 3 from the paper: "Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold3" in PyTorch项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/al/AlphaFold3