RSEM 安装和配置指南

RSEM 安装和配置指南

RSEM RSEM: accurate quantification of gene and isoform expression from RNA-Seq data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rs/RSEM

1. 项目基础介绍和主要编程语言

项目介绍

RSEM（RNA-Seq by Expectation-Maximization）是一个用于从RNA-Seq数据中估计基因和转录本表达水平的软件包。RSEM提供了用户友好的界面，支持多线程计算、单端和双端读取数据、质量分数、可变长度读取和RSPD估计。此外，RSEM还提供了表达水平的后验均值和95%可信区间估计。

主要编程语言

RSEM主要使用C++编写，同时也使用了Perl和R进行一些辅助功能。

2. 项目使用的关键技术和框架

关键技术

• RNA-Seq数据分析：RSEM专注于RNA-Seq数据的基因和转录本表达水平估计。
• 期望最大化算法（EM算法）：用于估计表达水平。
• 多线程支持：提高计算效率。
• BAM和Wiggle文件生成：用于可视化。

框架

• C++：核心算法实现。
• Perl：用于脚本编写。
• R：用于数据分析和可视化。

3. 项目安装和配置的准备工作和详细安装步骤

准备工作

在安装RSEM之前，请确保您的系统已经安装了以下软件：

• C++编译器：如GCC。
• Perl：用于运行一些脚本。
• R：用于数据分析和可视化。
• Python（可选）：如果需要使用--gff3选项。
• Bowtie/Bowtie2/STAR/HISAT2（可选）：如果需要使用这些比对工具。

详细安装步骤

1. 下载RSEM源代码

首先，从GitHub上下载RSEM的源代码：

git clone https://github.com/deweylab/RSEM.git
cd RSEM

2. 编译RSEM

在RSEM目录下，运行以下命令进行编译：

make

如果您使用的是Cygwin，请运行：

make cygwin=true

3. 安装RSEM

编译完成后，您可以选择将RSEM安装到系统路径中。默认情况下，RSEM会被安装到/usr/local/bin。您可以通过设置DESTDIR和prefix变量来更改安装路径。例如：

make install DESTDIR=/home/my_name prefix=/software

这将把RSEM安装到/home/my_name/software/bin。

4. 验证安装

安装完成后，您可以通过运行以下命令来验证RSEM是否安装成功：

rsem-calculate-expression --help

如果显示帮助信息，则说明安装成功。

配置RSEM

RSEM不需要额外的配置步骤，但在使用时，您需要准备好参考序列和基因注释文件。您可以使用rsem-prepare-reference工具来准备参考序列。例如：

rsem-prepare-reference --gtf annotation.gtf genome.fa reference_name

这将生成RSEM所需的参考序列文件。

总结

通过以上步骤，您可以成功安装和配置RSEM，并开始使用它进行RNA-Seq数据的基因和转录本表达水平估计。

RSEM RSEM: accurate quantification of gene and isoform expression from RNA-Seq data 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/rs/RSEM