虚拟筛选-分子对接

虚拟筛选-分子对接

我的讲解会从以下几个方面展开。

1、什么是分子对接。

2、分子对接的用途。

3、分子对接的原理和类别。

4、最后也是最重要的一点，分子对接的流程。

什么是分子对接

维基百科中文版给出的解释是，分子对接是分子模拟的重要方法之一。其本质是两个或多个分子之间的识别过程，其过程涉及分子之间的空间匹配和能量匹配。分子对接方法，在药物设计、材料设计等领域有广泛的应用。

读完这一段，我们了解到的是分子对接，是一个计算机模拟，模拟的是分子之间的识别过程。涉及到分子之间的空间形状互补和能量匹配。

维基百科英文版给出的解释是，如果两个分子可以形成稳定复合物。分子对接可以预测他们的结合方式，并且利用这个结合方式的信息，可以用打分函数来预测这两个分子的结合强弱或者叫亲和力。所以如果这两个分子分别是化学小分子和受体蛋白的话，分子对接主要做这两件事情：

第一，预测结合模式。预测的是这个配体小分子能不能结合到这个蛋白的结合口袋。如果可以的话，结合到口袋的哪里呢？以什么样的方式和构想结合。第二，预测结合强弱。如果是以预测的方式结合，那么结合有多强，亲和力有多大。

分子对接有什么用途

弄明白上边两点以后，我们就不难想象分子对接的用途了。最重要的就是在新药领域。这里有两种情况：

第一种靶点蛋白已知。比如说研究人员发现某一个蛋白跟疾病相关，想通过利用抑制剂来达到治病的目的。并且没有任何已知的已知剂。那我们可以用基于蛋白靶点结构的药物设计方法，比如用基于分子对接的虚拟筛选，从一个很大的化合物数据库里面。筛选出来可以与蛋白结合的先导化合物。我们会对接这个数据库里面的每一个化合物到蛋白的结合口袋，经过对接评估和后续的其他评价之后。我们会买一些化合物，比如说前五十个进行实验室测试，看看他们的活性。可能有一些活性还可以&#