PDB数据库介绍

PDB数据库

PDB(Protein Data Bank)是目前最主要的收集生物大分子(蛋白质、核酸和糖)2.5维(以二维的形式表示三维的数据)结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。其内容包括生物大分子的原子坐标、参考文献、1级和2级结构信息，也包括了晶体结构因数以及NMR实验数据等。

PDB数据库由全球多个组织协作管理，包括美国的RCSB PDB、日本的PDBj以及欧洲的PDBe，三者共同维护并推动数据库的更新和扩展。PDB数据库的检索方式有两种：基本检索方法和高级检索方法。

基本检索方法：

•    按PDB ID检索：如果已知目标结构的PDB ID，可以直接在搜索框中输入ID进行检索。

•    按关键字检索：可以输入蛋白质名称、序列、功能、来源物种等关键字进行搜索。

•    按作者检索：可以根据发表论文的作者姓名进行检索，查找其提交的结构数据。

高级检索方法：

•    按分辨率检索：可以设置分辨率范围，筛选出符合要求的结构数据。

•    按实验方法检索：根据实验方法（如X射线晶体学、核磁共振、冷冻电子显微镜等）进行筛选。

•    按结构类型检索：可以选择单独的蛋白质、蛋白质-核酸复合物、多聚体等结构类型进行检索。

这里我们以HIV蛋白酶-抑制剂复合物体系（PDB ID: 1HPV）为例，介绍RCSB PDB。

✓    在检索框中输入相应体系的ID即可查看其详细信息

点击 "Download Files" 即可下载pdb文件用于计算模拟；

蛋白信息：

PDB DOI：PDB中每个条目的唯一标识符；

Classification：分子结构所属的类别（水解酶）；

Organism(s)：分子来源的生物物种（人源）；

Expression System：生产分子的实验表达系统（大肠杆菌）；

Mutation(s)：分子相较于其天然序列发生的突变信息（无突变）；

Deposited：研究人员将数据提交到PDB数据库的日期；

Released：数据在PDB数据库中向公众开放的日期；

Deposition Author(s)：将结构数据提交到PDB的研究人员。

实验结构解析信息：

Method：结构解析方式（X射线衍射）

Resolution：分辨率，表示解析结构的精度，通常以埃（Å）为单位。分辨率越小，结构越清晰。在分子对接中，为了提高结果的可靠性和准确性，一般选解析度好的结构（＜2.5 Å）作为受体进行研究；

R-value Work：反映解析结构模型与实验数据的拟合程度（基于训练数据），值越小拟合越好；

R-value Observed：类似于R-value Work，基于全部数据进行拟合。

✓    生物大分子信息，包括分子名称，链信息，序列长度，组织来源，以及变异的一些详细信息，空间构象图等

✓    小分子配体信息，包括小分子的化学名称，链信息(一般小分子就一个链)，分子式，结构简式，2D结构，3D interaction提供了与蛋白的相互作用，并且提供了可下载的其他文件格式

需要注意的是，有些结构会解析出多个小分子，有可能是溶剂分子，离子，以及重要的金属离子。

此时需要根据文献调研确定所需研究对象，有些金属离子对于蛋白配体的结合、活性会有非常大的影响，不可忽视，需要进行相应的处理。

✓    配体实验数据，重点关注的是结合自由能的实验数据，不同课题组可能得到的结果不一样，具体采取哪个实验值根据调研参考的文章为准。

✓    晶体解析信息，包括结构解析方式、分辨率等信息。

✓    晶体结构的版本信息。可以看到该结构在1995，2008，2011，2024均更新过实验数据，因为随着实验条件和实验手段的进步，解析的实验数据也是需要更新的。

小结

PDB数据库是生物大分子结构数据的重要资源，为生物学和药物学研究提供了宝贵的三维结构数据。通过不断升级和标准化，PDB为科学家们揭示生物分子的结构与功能关系、开发创新药物以及推进基础科学研究提供了重要支持。