比较模型对蛋白质动力学的理解有多好？

蛋白质的3D结构对于理解蛋白质动力学至关重要。如果实验确定的结构不可用，则可以使用比较模型来推断动力学。但是，与实验结构相比，比较模型在推断动力学方面的有效性尚不清楚。为了解决这个问题，我们使用正常模式分析将〜800个比较模型的动力学特征与其晶体结构进行了比较。残渣运动的大小，方向和相关性的平均相似度> 0.8（其中值1相同），表明模型和晶体结构的动力学高度相似。对于建立在多个和/或高序列同一性模板上的模型，> 3D结构和动力学的准确性要高得多（> 40％）。模型的三维（3D）结构和残余物波动比模板更接近晶体结构（TM得分0.9对0.7和正方形内积0.92对0.88）。此外，在RNase 1和血管生成素的比较模型上进行的长期分子动力学模拟显示，在保守的活性位点残基的构象采样中存在显着差异，这些差异表征了其活性水平的差异。对两个EGFR激酶变体模型的类似分析突出了突变对功能状态特定的αC螺旋运动的影响，这些结果与以前的实验观察结果相符。因此，我们的研究为使用比较模型理解蛋白质动力学增加了信心。此外，在RNase 1和血管生成素的比较模型上进行的长期分子动力学模拟显示，在保守的活性位点残基的构象采样中存在显着差异，这些差异表征了其活性水平的差异。对两个EGFR激酶变体模型的类似分析突出了突变对功能状态特定的αC螺旋运动的影响，这些结果与以前的实验观察结果相符。因此，我们的研究为使用比较模型理解蛋白质动力学增加了信心。此外，在RNase 1和血管生成素的比较模型上进行的长期分子动力学模拟显示，在保守的活性位点残基的构象采样中存在显着差异，这些差异表征了其活性水平的差异。对两个EGFR激酶变体模型的类似分析突出了突变对功能状态特定的αC螺旋运动的影响，这些结果与以前的实验观察结果相符。因此，我们的研究为使用比较模型理解蛋白质动力学增加了信心。对两个EGFR激酶变体模型的类似分析突出了突变对功能状态特定的αC螺旋运动的影响，这些结果与以前的实验观察结果相符。因此，我们的研究为使用比较模型理解蛋白质动力学增加了信心。对两个EGFR激酶变体模型的类似分析突出了突变对功能状态特定的αC螺旋运动的影响，这些结果与以前的实验观察结果相符。因此，我们的研究为使用比较模型理解蛋白质动力学增加了信心。

原文链接：https://doi.org/10.1002/prot.25879